檢方起訴書指出,邵琇珮曾見同事不配合柯文哲指示,遭嗆「不配合就離職」,為使自己仕途順遂配合圖利,除建議京華城透過都市計畫申請容積獎勵,引導公司依都市計畫法24條研擬細部計畫「方案四」,且明知京華城案不符都更要件,卻「準用」都更條例,以綠建築、智慧建築、耐震設計等項目申請獲取20%的容獎。
今年1月,北院首度召開準備程序庭時,檢察官曾指出,邵琇珮涉犯貪污治罪條例圖利罪,除考量她偵查中自白,也沒有犯罪所得,建請法院減輕其刑;另外,邵琇珮適用證人保護法規定,讓檢方得以追訴其他正犯或共犯等,建請再給減刑,她當庭也全盤認罪。
針對邵琇珮認罪一事,柯文哲3月出庭曾稱邵琇珮是敢提出意見、敢跟長官討論的優秀幕僚,質疑她會認罪是經檢察官林俊言不正訊問所致;至於前同事、前都發局長林洲民則是在本月22日證稱,邵琇珮是很優秀的公務員,認為她在處理京華城案時有「難言之隱」,是受委屈了。

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