根據北檢起訴內容，柯文哲所涉犯行分為兩區塊，一部分是涉嫌於台北市長任內收受威京集團總裁沈慶京的賄賂，讓京華城改建案得以獲取20％的容積獎勵；另一部分則是在競選總統期間，涉嫌透過木可公關公司侵占政治獻金，涉犯《貪污治罪條例》圖利、違背職務收賄、公益侵占及背信等罪，具體求刑28年6月、褫奪公權10年，併科罰金5千萬。
起訴書指出，柯文哲於2014至2018年首任市長期間，即得知沈慶京多度向北市府、市議員、監察院陳情，希望能回復京華城12萬284平方公尺的樓地板面積。然而，柯明知京華城案不符都更條件，也明瞭土地容積率背後所涉利益龐大，仍無視北市府當時正與京華城公司行政訴訟中，裁示將京華城陳情案送入都委會研議。
檢方指控，柯文哲在收受由沈慶京指示捐予民眾黨，以7名人頭名義各捐30萬元，共計210萬元的政治獻金「賄款」後，親自核章決行將京華城案送交都委會審議並進行公告公展，不顧都發局認為恐涉及圖利等意見，讓京華城得以都更容獎項目獲取20%容獎，使其容積率自560%一路暴增至840%，甚至護航鼎越公司加速取得建照。
而在鼎越公司取得建照後，柯文哲受邀出席京華廣場動土典禮。檢方認定，柯在典禮當天或某日收受沈慶京的1500萬元賄款，並將款項交由隨行秘書許芷瑜保管，後來再記錄於EXCEL檔案「工作簿」中，內容寫道「日期2022/11/1-姓名小沈-數字1500-公司-用途-經理人沈慶京」，與檔案內其他列所載的數字相同，均為金額、單位為萬元。
此外，柯文哲為了角逐2024年總統大選，不僅積極佈局且頻繁與財團、政商界人士接觸，還指示成立木可公司、眾望基金會、新故鄉協會，雖然表面上找來李文宗、李文娟兄妹負責管理金流，卻實際掌握包括前述單位及競選總部的財務狀況，並挪用木可公司帳戶資金及眾望基金會公款，用以支付輔選的員工、競總和黨工薪水。
檢方調查，柯文哲也在政治獻金專戶設立前，先是將其肖像權授予木可公司，隨後由競選總部推出「捐款換小物」活動對外募款，並涉嫌以收取授權費名義，將募得的政治獻金轉入木可公司帳戶，營造正常商業交易假象，藉以規避政治獻金用途的嚴格限制，不法侵占政治獻金達6234萬餘元。
同時，柯文哲涉嫌在擔任台北市長期間，以私人名義違法收受捐款及民眾黨政治獻金，對象包括李婉鈺父親林志郎、博奕教父陳盈助、會計師范有偉、基隆市長謝國樑母親、信義房屋創辦人周俊吉妻子、東方文華董事長林命群，並將款項記錄於EXCEL檔案「工作簿」。其中，陳盈助機要邱清章曾證稱捐款300萬元，檢方認定與柯記帳數字相符、帳冊內容屬實。
不過，對於檢察官種種指控，柯文哲始終否認涉有收賄及侵占政治獻金情事。柯歷次出庭強調，京華城案送進都委會研議後，對於後續發展他一無所知，且本人對於EXCEL檔案「工作簿」毫無印象；政治獻金部分，柯則主張捐款人出於「欣賞」將錢供其使用，且後續都將錢用適當的地方，至於「捐款換小物」均有開立發票，屬於商業活動。
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