食品藥物管理署提醒，冷藏食品應存放於0~7℃、冷凍食品應存放於-18℃以下，並掌握先進先出原則。食材調理前解凍方式建議置於冷藏庫或以微波爐解凍、密封包裝後以流水解凍，流水解凍不要讓食材直接與流水接觸，以免交叉污染和流失營養素，不要放在室溫下解凍以免有風險。
另外，長榮大學食品安全衛生與檢驗學士學位學程副教授許淑真指出，不要用鹽水清洗海產，因為腸炎弧菌喜歡存活在鹹水環境，如果用鹽水清洗海產品又沒煮熟或生食，容易吃進腸炎弧菌。所以貝類用鹽水幫助吐沙完畢應該再用清水洗一遍，烹煮貝類不要一開殼就馬上撈起來吃，最好多煮5到10秒比較安全。
淡水漁產品則常見腸桿菌科微生物，如大腸桿菌、沙門氏菌等，須加熱超過65°C到75°C一段時間才能完全殺死，切勿因追求口感而忽略生食風險，以避免食物中毒。烹食時應該先煮沸湯底再加入食材，也不要一次放很多食材下去以免煮不熟，食材中心溫度應該加熱超過70°C以上。
採購火鍋料也有眉角，結霜建議不要買，許淑真說明，正常冷凍和冷藏狀態下不太容易結霜，如果結霜代表儲存過程有溫度變動，溫度變動就會影響保存期限，保存時間可能變短，無法短時間食用完畢，又不確定先前經歷什麼樣的溫度變化，所以建議盡量不要選擇結霜的食材。
林金富補充，冷凍食材曝露在常溫狀態下，空氣中的水蒸氣會跟冰庫拿出來的食材進行熱交換，水蒸氣會凝結食材外包裝，又把食材拿回去冷凍，水珠就會結霜或變成薄冰，所以結霜可以推測在販售過程中離開應該保存的環境。
不少人吃火鍋喜歡沾生蛋黃加沙茶醬，林金富提醒，在台灣吃雞蛋建議煮熟可以避免很多食物中毒風險。許淑真建議使用CAS洗選蛋，洗選蛋表面微生物非常少，內部微生物幾乎沒有，打蛋之前和打完蛋之後都要洗手。
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