針對違憲部分，判決指出「法官就同一案件，曾參與據以聲請再審或提起非常上訴之刑事確定裁判者，於該再審（包括聲請再審及開始再審後之本案更為審判程序）或非常上訴程序，應自行迴避，不得參與審判」、「《刑事訴訟法》未明文規定上開法官迴避事由，與憲法第16條保障訴訟權之意旨有違。有關機關應於本判決公告之日起2年內，於刑事訴訟法明定上開法官迴避事由。於修法完成前，刑事訴訟再審及非常上訴程序之新收與繫屬中案件，審理法院應依本判決意旨辦理」。也就是說，只有「再審」、「非常上訴」案的法官要注意，如果之前審理過此案，應該自行迴避。
至於35名死囚質疑違憲的「更二連身條款」、「重大連身條款」，指的是「最高法院刑事案件分案實施要點」第9點第1項規定：「案件有下列情形之一者，應分原承辦股：（一）原審更三審以上再行上訴之案件(更二連身)。（二）重大刑事案件發回更審再行上訴案件(重大連身)。」
死囚們主張「同一法官重複參與同一案件的同審級裁判，可能會有預斷風險，影響公正審判」，但憲法法庭認為不論是更二連身條款或重大連身條款，法官所審查的都是下級審（第二審）的更審裁判，不是該法官自己先前所參與的第三審裁判，因此並無「審查自己所作裁判」的預判問題，法官基於個人學養及經驗，對於抽象法律問題、各類案件所涉事實或法律爭議，原本多少會有一定程度的初步見解或看法，不可能是白紙一張，任何法官皆然，但最高法院法官都是具有長年審判經驗的資深法官，對重要法律問題多已形成穩定的法律見解，即使對法律見解確實有定見，也多半來自個人經驗及學養，而非單純因為「先前曾審理同一案件」的影響。
另外，憲法法庭認為最高法院發回判決的意旨，未必對被告不利，因此曾參與發回判決的法官，後來又參與該案再次上訴後的第三審裁判，對被告而言，未必會發生不利的預斷風險；另外，曾參與前次發回判決的最高法院法官，如又參與該案件再次上訴後的第三審裁判，有提高審判效率，避免訴訟延遲的正面效益，因此大法官今判決更二連身條款、重大連身條款沒有抵觸《憲法》保障的訴訟權及法官法定原則，合憲。
此案影響在於憲法法庭若判決連身條款違憲，不光是聲請釋憲的35名死囚可獲重審翻案機會，甚至其他更三審、包括更三審之後定讞的海量案件被告，也可能以判決不合法為由聲請非常上訴，勢必衝擊司法體制安定性。
另一方面，若大法官判決連身條款合憲，形同聲請釋憲的死囚們的「保護傘」消失，法務部也不能再以「司法救濟程序尚未終結」為由，回應38名死囚遲未執行的問題，燙手山芋將回到法務部。
台灣百合公義協會理事長徐紹展日前領銜提出「死刑判決確定6個月內執行完畢」公投提案，國民黨立委李德維今年5月在立法院質詢此事進度，法務部長蔡清祥當時說：「目前是38件死刑確定的案件還沒有執行，因為他們向司法院聲請憲法訴訟，所以在這個訴訟還沒有裁決之前，救濟程序還在進行中，我們必須等待所有的救濟程序完畢以後，一定會依法執行。」
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