更一審判決指出，蔡英文博士論文存不存在，與彭文正在法律上沒有利益關係，雖然彭文正因為質疑論文之事被蔡英文控告誹謗，但彭男是否觸犯誹謗罪，應由檢察官、刑事法院認定事實，換句話說，彭文正於本案提起「確認論文不存在」的民事訴訟，不論判決結果為何，都不影響他是否構成誹謗罪，在法律上與彭文正沒有利益關係。
此外，台北地院開記者會說明時表示，蔡英文取得博士學位的歷程，與卷內提出的證據相符，其中LSE於1984年2月8日寄發正式通知書，記載蔡英文論文題目、專業領域及通過博士學位考試，蔡並獲頒倫敦大學LSE博士學位。且倫敦大學、英國資訊專員辦公室也一致表明，蔡英文於1984年2月經2位口試委員審查其論文後，獲頒LSE博士學位。
至於蔡的律師連元龍提供散裝的論文被質疑是假，北院認為，呈現方式與正式論文裝訂成冊的樣式確實不相符，但從泛黃的紙張可見歲月痕跡，應該是年代久遠的舊物，雖然難認是蔡英文提交給校方審核的合格論文，但仍可確信是她在1983年製作的原稿。
北院進一步說明，蔡英文雖然沒能提出1984年由LSE審核通過的論文消除爭議，但她確實有獲頒博士學位，縱使英國倫敦政經學院、倫敦大學總院圖書館、高等法律研究院圖書館都沒有收藏蔡英文的論文，但那是圖書館保存的問題，無法以此推論蔡英文是否有繳交論文，也不能將此問題歸咎於蔡，也無從做出有利於彭文正的判決。
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