《再生醫療法》草案政院版第9條第2款與第3款規定，受到眾多學界與醫藥實務界質疑，主因放寬再生醫療不須申請藥品許可證或完整臨床試驗，只要經執行人體試驗結果，證實其安全性及「初步療效」而非實質功效，即可使用在病人身上。國民黨團批評，這如同先前未經三期臨床實驗的高端疫苗打在人體。
薛瑞元今日出席活動受訪表示，《再生醫療法》草案也不是沒跟學界事前溝通，而是過程中有些人沒參與，直到法案送到立法院之後才有意見出來，審查程序主要是立委主導，因為程序已經在進行，要詳細針對專業性問題逐一回答，有一定困難。立法院昨天暫緩三讀，我想還會進一步協商，我們尊重立法院的決定。
薛瑞元表示，接下來衛福部會加強對民眾、各領域專家和立委提出的質疑積極溝通，不一定透過舉辦公聽會，因為現在法案在立法院，由衛福部舉辦公聽有點奇怪，有各種不同方式可以做。
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