桃園機場第三航廈2025年啟用，桃機過往曾規劃依照3個國際航空聯盟做分配，讓相同聯盟航空公司分配在同航廈，華航所屬的「天合聯盟」與其他航空進駐第三航廈；長榮與其所屬「星空聯盟」則分配在第二航廈；「寰宇一家」航空公司及廉航則分配在第一航廈。
不過後來又傳出改以航線分配，引發華航企業工會不滿到桃機遞上陳情書，發言人黃慧甄表示，如此方式將使航空公司不同航線班機分配在不同航廈，造成國人及旅客轉機不便，更增加走錯航廈錯過班機的機率以及時間成本。
對此，王國材今出席交通部道路安全記者會受訪時表示，桃園機場第三航廈2025主體啟用，2026年全面完工，一開始用聯盟方式分配，但各航空公司有不同看法，目前改以運轉考量來分配，包括是否集中哪個航空公司全部進駐第三航廈，或是部份在第三航廈、部份在第二航廈。
王國材說明，目前國際航空有三大聯盟，但現在發覺分配起來也不是很平均，因此初步比較定案的是第一航廈由低成本航空進駐，第二、第三航廈分配上，長榮、華航、星宇都想進駐第三航廈，由於都是國籍航空，必須公平對待。
另王國材指出，他已請民航局跟各航空公司討論，初步看起來第三航廈租金會比第一航廈高，先請民航局把租金攤出來讓航空公司看一下是否做此選擇，第三航廈租金會比較貴，但至於多少，民航局還在算，或許談過之後，各家航空公司想法會不一樣。
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