為紓解流量，讓符合領取資格的民眾能比較順利登記，登記期間前5日（3月22日至3月26日）將採身分證字號或居留證號尾數分流，每日開放兩組尾數的民眾登記，並將在3月20日以抽籤決定尾數分流順序。
3月27日起不分流，民眾皆可登記，並於3月28日起開放修改以及查詢登記資料是否正確、符合領取資格等資訊。登記系統預計開放至少6個月，確切截止日期以行政院公布為準。
數位部強調，特別預算完成法定程序生效後，政府將會陸續提供一般民眾第二階段ATM領現與第三階段郵局臨櫃的服務。如果民眾想要直接去ATM領現，或者前往郵局櫃台領取，都不必在系統登記。另外，屬於特定族群，包含領取勞保年金、國民年金、老農津貼、勞退、身障補助、中低收入老人津貼等民眾，6000元將會直接入帳，也不需要在系統登記。
數位部強調，因為特別預算案還沒有通過，目前尚無法撥款入帳。預估將在完成預算法定程序、總統公布生效後5個營業日開始陸續撥款入帳。屆時民眾即可透過本身銀行帳戶、存摺或者6000網站查詢是否入帳。
數位部說明，登記入帳原則由本人登記，父母或法定代理人可為未滿13歲的未成年子女代領。登記步驟如下：
一、用電腦或手機、平板連上「全民共享普發現金」（https://6000.gov.tw）網站，點選「登記入帳」。
二、依序輸入領取者本人的「身分證字號或居留證號」、「金融機構代號」、「金融機構帳號」及「健保卡號」。請注意金融機構帳戶資料必須填寫本人帳戶，才能順利撥款入帳。
三、若父母或法定代理人要為未滿13歲的未成年子女代領，在「健保卡號」處點選「新增」，增列一欄「健保卡號」欄位，輸入孩子（被代領人）的健保卡號，即可一併登記代領。每人最多可同時為4位未滿13歲者代領。
四、資料輸入完畢之後，請點選「下一頁」，確認網頁上登記的資料是否正確，確定正確則點選「確認送出」，網站將會顯示初步申請登記的收件結果。若登記資料有誤，請點選「上一頁」，修正登記錯誤之資料，修正完成後再重複上述程序。
數位部表示，在完成初步登記後，6000網站將從3月28日起提供查詢登記結果。點選6000網站首頁上的「查詢登記結果」，輸入本人或代領人的「身分證字號或居留證號」以及領取人的「健保卡號」，點選「確認送出」，網站將顯示查詢結果。如果先前有登記但查無資料，即表示登記資料有誤，請直接重新登記即可。
數位部提醒民眾，切勿將身分證、居留證及健保卡交給陌生人，杜絕被冒名盜領的機會，保障自身權益。數位部也不會透過簡訊或電子郵件等方式通知領取6000元，請認明6000網站網址（https://6000.gov.tw），勿點擊可疑連結。
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