海基會表示，兩岸各項往來所衍生的問題有增無減，必須靠海基會面對解決，愈缺少制度化管道，解決的成本愈高，包括民眾赴陸期間遭遇各項緊急問題協助、兩岸交流活動參與、大陸台商經營協助、台商子女教育學習支援、在陸就學台生照應、在台陸配關懷、兩岸整體情勢研析與國內外訪賓及智庫團體聯繫交流；另也強化資訊安全以及海基會大樓整體設備維護維修等項目。
根據中央社報導，國民黨立委王鴻薇批評陸委會明年度大幅增加對海基會的捐助，她認為兩岸關係緊繃，陸委會更勸戒台灣民眾不要到中國旅遊，海基會現在只剩下文書功能，沒有兩岸交流溝通功能，明年預算卻大幅提高，從今年的1.8億元提高到2.6億，足足增加7500萬元，實在非常矛盾，她痛批賴政府只想搞意識形態，但花納稅人錢卻一點也不手軟。
國民黨立委李彥秀也指出，海基會董事長和秘書長領取的是「部長級」月薪20萬元，特殊狀況還不在此限，副秘書長、主任祕書、處長則領取「次長級」薪水。民進黨僵化的意識形態不改，陸委會、海基會編再多預算也都是浪費民脂民膏。
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