曾銘宗日前在立法院質詢陳吉仲時說，其所擔任研究計畫主持人的科技部研究案涉嫌抄襲，但陳吉仲對此表示，自己非計畫主持人，且有實證模型可以引用，並強調「禁得起考驗，別浪費時間」，對自己非常有信心。
但是國民黨文傳會前主委、桃園市議員參選人凌濤指出，陳吉仲擔任《台灣及東亞鄰近地區氣候變遷下對農業災害損失及空氣污染之社會成本評估》、《研析臺灣農業生態系服務最佳化策略-評估臺灣農業生態系經濟 價值與其政策涵義》這兩個科技部研究計畫的主持人，就被抓到涉嫌嚴重抄襲四大來源，涵蓋科學人雜誌、愛情公寓部落格、碩博士論文網、期刊，簡直是「花式剽竊」。
凌濤認為，陳吉仲曾說是自己研究報告的實證模型可以抄襲，但這兩個研究計畫，光是「文獻參考」部分，抄襲比例就分別高達40%與57%。
國民黨文傳會副主委、台北市議員張斯綱也批評，陳吉仲親身示範如何用「農委會的錢騙農委會的錢」。他說，陳吉仲於民國94年受農委會資助的研究計畫《農民與離農年金給付之實施對台灣農業結構改善之評估》，竟抄襲農委會民國92年資助的期刊《台灣稻米政策調整對稻米市場經濟影響之評估》，光是第四章節的抄襲比例就高達77%，分明是「一魚兩吃」、「騙錢達人」。
國民黨副發言人楊智伃則表示，陳吉仲說歡迎用最嚴格的標準檢驗，今天全民只用最普通的標準檢驗，陳吉仲幾乎用最嚴格標準檢視宏碁案，卻用海一樣寬的標準審視自己。
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