去年7月5日上午，王鴻薇召開記者會爆料，質疑當時擔任新竹市長並有意前往桃園參選市長的林智堅，在就讀中華大學的碩士論文「以TCSI 模式評估國內某科學園區之週邊居民滿意度」，涉嫌抄襲新竹科學工業管理局發標45萬的委辦案結案報告(採購案號E961209)，題目「以TCSI模式評估新竹科學園區之民眾滿意度」，就連錯字「藍」球場也完全相同，抄襲比例達87.8%。隨後又公布「抄襲拼圖」，再增抄襲2005年12月的品質月刊，指林智堅論文全數抄襲比例達94.1%。
林智堅則召開記者會反擊，中華大學論文是在一場研討會與教授們共同發表研究，表示自己重視個人和團隊名譽，對於過去有人藉由造謠抹黑，圖謀政治利益，企圖摧毀他的名譽，他絕對都會捍衛名譽，透過法律杜絕抹黑造謠，同時委託律師前往新竹地檢署對王鴻薇提起加重誹謗罪告訴。
新竹地檢署認為無管轄權，向高檢署聲請將全案移轉由北檢偵辦，檢察官調查後認為王鴻薇在召開記者會的當天，有提供林智堅的論文資料供媒體比對，且中華大學在事後撤銷林智堅的碩士學位，因為認為王鴻薇爆料有所本，處分不起訴。
對此，王鴻薇回應，是遲來的正義，並指在第一時間就已反控林智堅誣告。
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