事發時，全案原本由國民黨團在台北地檢署按鈴告發，最後北檢向高檢署聲請移轉管轄，由負責偵辦家暴案的新北地檢署處理，而當時林秉樞被告發的事由，包括自稱國安高層人員、幕僚，涉孉違反《刑法》僭行公務員職權罪；而他計畫性與綠營人士交好，滲透本土陣營，被告發違反《國安法》，意圖危害國家安全、社會安定，為中國敵對勢力發展組織；又林秉樞無固定工作，卻有ATM單據顯示他存款高達2300萬元，另遭告發涉犯洗錢等罪。
對於這些被告發的事由，林秉樞出庭喊冤：「我沒有向他人說我是國安人員或公務員」、「我是本土到不能再本土的人」，他也否認為中國敵對勢力發展組織及洗錢，「我銀行帳戶內的收入是父母給我的，還有股票收入、收租等，百分之百沒有人委託我洗錢」。
檢察官傳喚林秉樞的2名女助理，2人都證稱林秉樞並沒有對外自稱國安單位任何職務，且林秉樞手機中的通訊軟體對話記錄，也查無他為中國敵對勢力發展組織的事證，並看不出有危害國家安全、社會安定的意圖。
至於林秉樞的銀行帳戶存款經查只有100萬至300萬元，存款2300萬元的單據是P圖變造，而他涉及偽造文書罪部分已另行起訴，因此就他遭人告發涉嫌僭行公務員職權、洗錢、《國安法》等罪部分不起訴。
檢察官在做出不起訴處分後，依職權向高檢署提起再議，但高檢署認為全案調查完備，已在今年3月間予以駁回確定。
而新北地院查出，他變造存款最高曾改到6236萬元，實際上餘額只有200萬元，依偽造文書罪判他7月、得易科罰金。
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