兩岸直航因政治關係對立緊張和新冠疫情影響而中斷，直到今年4月才恢復對飛航班，至今開放10個定期航班航點，引起國人緊張的則是南京飛往高雄航線。
《壹蘋新聞網》接獲讀者投訴指稱，一架從南京飛往高雄的中國東方航空編號MU2945/CES2945班機，疑似未按航行航向規定，從台灣北部東北角上空，從北到南直接穿越整個台灣西部陸地，恐有國安問題。
經《壹蘋》比對高雄機場直航班飛行路線，和高雄對飛航班除東航外，還有吉祥航空上海飛高雄，廈門航空福州飛高雄和廈門。其中東航和吉祥航空飛行路線都從北部入台，直接穿越西部到高雄，廈門航空則繞行南方海域進入高雄，儘管福州在北部，也沒「圖方便」直接穿越整個西部。
對於中國東方航空航線穿越台灣西部陸地是否有國安問題，國防部表示，「沒有國安問題，因為這是民航局核定的航線」。
民航局今回應，媒體報導所指之中國東方航空南京往高雄航班飛行路線，為既有之國際航路與兩岸航路；另外，依據國際民航作業，倘若航機因遭遇惡劣天氣提出偏航要求，因涉飛航安全，具提供協助之優先性，航管將依國際規範給予偏航協助，近期因台灣梅雨季節，台灣上空偶有惡劣天候，航班如遇此情況請求偏航，我方航管單位都依此原則引導航機偏航後飛往高雄。
但專家有不同看法。據前民航機機師、戰鬥機飛行員于皓瑋說，這個從南京起飛、行經西台灣領空的航線，應會接到台灣國內線主要的W4航路。
于皓瑋表示，民航機要飛經台灣國土領空，均須提出經交通部民航局審核的飛行計畫，確認其確實為民航機。提出飛行計畫後，在正常情況下不用特別向航管報告，也就是說，在航管引導下的飛行路線就沒有問題，所以應該沒有國安疑慮。
于皓瑋接著指出，如果沒有依照飛行計畫亂飛的話，我國軍機會進行攔截的必要措施，甚至要求其迫降等，另個改變飛行航路的可能性，則是因為航機關係，由航管透過雷達引導、安排「走捷徑」。
于皓瑋說，航機在規定的範圍內飛行，要左非、右飛都可以，但若超過航路規定的範圍，航管會予以提醒，如果提醒後仍未改善，軍機就會攔截，「看你到底怎麼回事，是要自殺呢，還是其他意圖不軌的情形」。
于皓瑋重申，有改變航路的狀態，主要有2個原因，最主要是航管從雷達觀察到，因為航路有危險，例如有戰鬥機從航路穿過，或者和其他航機距離太近時；另外，若航管人力充裕，也會引導「走捷徑」，能省油、省時間，只要航管進行引導，就必須依照要求左右轉或下降高度，甚至原地360°繞一圈。
行政院長陳建仁先前表示，盼兩岸藉恢復直航，達到總統蔡英文要求「健康有序」的交流。陸委會今年３月宣布開放10個定期航班航點，過去只能直飛北京成都上海的浦東.虹橋以及廈門，現在可多直飛深圳、廣州、南京、重慶、杭州等等10個航點，而陸委會也預告將開放中國，13個包機航點。
經查東航從4月19日起，由MU2945執飛南京-高雄航班每週三、週五、周日，自7時45分從南京起飛，10時10分抵達高雄；由MU2946執飛的高雄-南京航班每週三、週五、周日自11時10分從高雄起飛，13時45分抵達南京。東航江蘇公司還計畫恢復南京-台中、無錫-高雄等航線。
國台辦發言人朱鳳蓮本月14日曾表示，青島、武漢、寧波、鄭州4個兩岸直航點的復航申請目前仍未獲台灣方面的批准。對此，陸委會副主委詹志宏也在本月15日回應，國台辦的資訊有一點落後，青島目前已經核准，武漢、寧波也已經有航空公司提出申請，只有鄭州因沒旅客，沒有航空公司提出申請。
我國陸續恢復兩岸航班，但在兩岸關係緊張及共軍時常擾台情況下，中國民航機飛行航線該如何讓國人安心，避免發生自殺式攻擊等事故或影響國安事件，都是政府應該正視的問題之一。
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