台肥目前最大股東為農業部、持股比例達24.07％，泛公股的合庫、國營事業中華郵政也分別持股達4％及3.9％，新制勞退也持有1.31％。
農業部派到台肥的法人董事共有五人；依台肥資料顯示，原為李孫榮、莊老達（農業部資源永續利用司司長）、劉志成（國立臺灣科技大學化工系退休教授）、曾湘樺（保證責任高雄市春上香運銷合作社理事主席）、黃秉專（台肥台中廠業務組運銷課代理課長）。
不過，台肥10月31日晚間先無預警公告，法人董事代表人將由行政院中部聯合服務中心副執行長吳音寧接任，取代原農業部派任的李孫榮，公布後即生效，震驚外界。
卓榮泰今天受訪表示，國營事業的董事長選任都有法定的程序，台肥公司今天會召開董事會，董事會的最後決定，才是該公司最終的決定。
點擊閱讀下一則新聞
捨棄吳音寧！台肥董座臨陣換人 名嘴：卓榮泰救了自己
