據媒體報導，馬太鞍溪溢流發生前兩天，內政部與林保署的會議音檔曝光，劉世芳在看到模擬報告，各個部落預測的溢流高度不同，她詢問「有沒有可能有些人就是留在原地避難就可以？」林保署官員表示，預測高度僅透過河道深度推估，但還要考量會有高度含有雜土水留下的疏浚情況。
劉世芳進一步表示，因為撤村是最難的避難方式，如果可以原地撤離，「頂多下面自己家門口有一些水淹過了，然後過了就算了，那時候再清理家園」，並要求林保署再進行更細緻的模擬。
對此，內政部25日回應，劉世芳在與農業部林業及自然保育署、花蓮縣政府以及臺灣大學專業團隊召開會議時，始終堅持以「保全人民生命安全」為最高原則，討論內容聚焦於如何判斷與研議撤離的最佳時機、範圍及涉及戶數，以期將災害風險降到最低。惟部分音檔遭人斷章取義，未能呈現完整脈絡，刻意製造誤解，令人遺憾。
至於各界關心的「垂直避難」議題，內政部說明，事實上「至高處垂直避難」、「依親」、「至避難收容處所」都是聯合國教科文組織、經濟部水災災害防救業務計畫，以及花蓮縣政府114年水災保全計畫中認可的水災可行避難方式，關鍵在於地方政府是否依法落實通知與撤離，並確認居家是否穩固(如鋼筋混凝土)、有無二樓以上，且不在水岸邊，才可於災難時往二樓以上暫時垂直避難。
內政部表示，中央災害應變中心的任何正式裁示，均會透過傳真公文、新聞稿，及通訊軟體群組等多元方式，於第一時間同步通知地方政府，確保訊息傳達快速且正確。內政部強調，所有具體指令均應以正式紀錄為準；9月21日傍晚與農業部、花蓮縣政府及臺大團隊完成該次會議後，中央災害應變中心隨即透過傳真公文正式通知花蓮縣政府。
內政部強調，依據《災害防救法》第4條與第24條規定，地方政府為災害防救之主管機關。當災害發生或有發生之虞時，縣市政府及鄉鎮市公所應本於職權，依個案狀況判斷是否勸告或強制撤離，並妥善安置受影響民眾。中央自始全力支持地方，協助其採取一切必要行動，降低人民生命財產安全所受之威脅。
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