行政院發言人林子倫表示，陳吉仲近日多次向陳建仁表達歉意，並願負個人責任，今（19）日晚間再度向陳建仁表達堅辭之意，陳吉仲向陳院長表示，年初因應禽流感所導致國內雞蛋供給不足狀況，啟動進口雞蛋專案，該項專案達到穩定供給、穩定物價、穩定蛋農生計之政策效益；然而，對於社會紛爭難以平息，讓專案進口雞蛋政策效益和目的失焦，他必須擔負起政務官的責任，絕不戀棧、堅定請辭。
林子倫表示，陳建仁尊重陳吉仲的決定，勉予准辭，並於本週四（21日）生效。陳建仁認為，陳吉仲過去幾個月積極處置，極力在符合消費者需求、維護蛋農生計、穩定市場價格間取得平衡，要做到面面俱到實屬不易，任務艱鉅且非常辛苦。實際上，進口雞蛋專案也緩解了國內缺蛋狀況，並獲得穩定蛋價、打擊黑市等政策效益；然而，這是國內首次採取規模性進口雞蛋政策，因過往經驗有限，使得在執行層面，有諸如冷鏈規範、調度管理、積極確認流向、社會說明等有不盡周延、多可精進之處，陳建仁請陳吉仲提出精進措施，作為未來政策之參考，並期盼相關政策能夠回歸理性討論。
林子倫並表示，陳建仁也特別感念陳吉仲從農委會副主委至主委，乃至完成改制農業部的一路辛勞。陳吉仲領導農業部以來，致力於「提高農民所得」及「確保糧食安全」，解決臺灣農業許多長期的結構問題。包含完備了「三保一金」四大農民福利體系，並投入126億建立冷鏈物流體系，提升農產品品質，配合農產品出口的持續成長，降低對單一不穩定市場的依賴；農業部更完成農田水利會改制為公務機關，打破灌區內外差別，擴大服務超過 5.6萬公頃，使農民不再受缺水之苦。
林子倫表示，1997年口蹄疫爆發後，台灣生鮮豬肉無法出口，在陳吉仲帶領農業部的努力下，2020年臺灣正式成為口蹄疫非疫區，歷時24年的口蹄疫陰影終於獲得解決；緊接而來2018年全球爆發非洲豬瘟，也在陳吉仲與各部會的合作下，成功防堵。
同時，自2015年臺灣漁業遭歐盟黃牌警告，解除黃牌就是蔡英文總統上任後的重要目標，在陳吉仲多次親自與國際協商並積極推動改善措施，2019年才終於順利解除漁業黃牌，守護臺灣於遠洋漁業數百億產值。
林子倫表示，陳吉仲為農家子弟出身，重視農業永續及在地食材安全，更在乎下一代對土地的理解。在陳吉仲領導下，農業部完成食農教育立法，並全面推動綠色環境給付、擴大產銷履歷，也協助學校營養午餐全面採用國產可溯源食材近98%，深化臺灣農業永續發展。
林子倫說，蔡總統所提「新農業政策」，因陳吉仲的有效執行，已達成提升農家所得的目標，2021年主力農家和專業農家平均每戶所得提高到155萬元及188萬元，相關的政策及福利的落實，也為台灣農村及農業帶來實質的轉型及升級。
林子倫表示，陳建仁已指派農業部政務次長陳駿季暫代部長一職，並要求陳代理部長持續進行社會溝通說明，釐清各界疑慮，同時依照原訂規劃，於本週四行政院院會提出進口雞蛋專案的成效檢討與策進作為報告，行政院也將持續準備完整資料，於本週五向立法院提出專案報告。
此外，林子倫補充說明，財團法人中央畜產會林聰賢董事長亦於今日向陳院長提出辭職，表達因進口雞蛋處理不盡周延，造成社會紛擾，中央畜產會作為政策執行者，本應負起責任。陳院長一併勉予准辭，並同步於本週四生效，後續人事將依照規定，經董事會程序再行派任。
專案進口蛋風暴擴大，先是一人公司超思獲農業部補助從巴西進口8814萬顆雞蛋，遭批有圖利之嫌，隨後爆出業者「誤標效期」，第一時間農委會對外解釋，因為噴膜，雞蛋有效期限拉長到120天，雲林縣長張麗善忍不住諷「它是鐵蛋」，緊接另家業者冠軍蛋品的進口蛋也疑似標錯日期。甚至地方政府曾向農業部索討資料，以追查進口蛋流向，農業部卻說不方便給，引起民怨。
立法院新會期已規劃22日院會，邀請陳建仁及陳吉仲等人到立院進行進口雞蛋的專案報告並備質詢，不過，陳吉仲17日晚向政院提出請辭，陳建仁並未同意，並表示陳吉仲有責任向各界釐清所有質疑，並將進口蛋政策進行通盤檢討，作為未來精進措施的基礎。
時隔2天，陳吉仲晚間在臉書拋出震撼訊息，表示決定請辭，陳吉仲指，昨天午後下了一場大雨，頓時洗去了內心的紛擾，也洗去了這麼多年來不斷被抹上的莫須有指控。雨後的陽光灑落在農業部的紅磚牆上，不論歷經多少艱辛和不被理解的抹黑，總還是會再見到陽光。
陳吉仲過去長期任教中興大學，總統蔡英文上任後，時任院長林全任命陳吉仲為農委會政務副主委，其後閣揆更迭、民進黨2018地方選舉慘輸，陳吉仲2度欲離都被慰留下來，2019年元旦再度內閣改組，陳吉仲從代理主委（代理請辭的前任林聰賢）升任為主委。
今年初，內閣再更迭，當時各界點名陳吉仲不適任，不過最終陳安全過渡到新內閣，並在上月，伴隨農委會升格為農業部，升官成為首任農業部長，當天典禮上，陳吉仲從陳建仁手中接下任命令，適逢下起大雨，陳吉仲稱天降甘霖，並推開幫他撐傘的工作人員，淋雨上陣致詞，他表示要讓農業永續，照顧好所有農漁民福利，提升所得，對抗氣候變遷，並走向自動化、機械化，讓成本降低，誓言全力努力。如今，敵不過延燒數周的進口蛋爭議，陳吉仲已自請離職，陳建仁也予以獲准。
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