星雲法師雖人在佛教，但對政治議題相當熱衷，常被說是「政治和尚」，但星雲認為「關心政治，不代表問政」，表示政治人物也是眾生之一，並強調：「我的弟子，不分藍綠，但都是佛教徒」。
佛光山位於大樹，縣市合併前是屬高雄縣境內，但高雄縣長期綠營執政，從余陳月瑛、余政憲、楊秋興歷任縣長，到縣市合併後陳菊市長，無不將星雲法師奉為上賓，對佛陀紀念館15處違建爭議相當包容，僅針對違反水土保持法，未依法辦理整地和道路修建，裁罰45萬元，違反環境影響評估法裁罰新台幣90萬元，「佛光山自在寮宗教事業計畫」未依開發案環評內容執行，裁罰40萬元，但仍全力協助行政流程，完成合法化。
1997年星雲宣布佛光山將封山，要提供佛光山常住僧眾一個寧靜的修行環境。2000年，時任總統的陳水扁拜訪佛光山，並且期許佛光山能夠重啟山門。佛光山稍後即決定重啟山門。
但2006年8月24日百萬人民倒扁運動期間，星雲發表公開信，自稱以「中華民國公民」身份，呼籲陳水扁總統「到了該下台的時候就應下台，以退為進，不要執著。」陳水扁入獄後，2012年釋星雲又表示基於慈悲仁愛與社會和諧，希望政府以人道立場優待前總統陳水扁，比照蔣介石對待張學良的方式，以「軟禁」代替「拘禁」，限制其不得再從事政治活動。
2011年12月25日「佛陀紀念館」開幕儀式，星雲竟致詞說此為「馬英九連任獻禮」，公開支持總統馬英九連任。不過，民進黨主席暨總統候選人蔡英文兩天後仍前往佛光山參加佛陀紀念館落成大典，高雄市長陳菊及高雄市副議長蔡昌達、 高雄立委候選人等黨公職均到場陪同。
2018年11月14日參選高雄市長的韓國瑜帶著妻子李佳芬攜媒體拜訪星雲法師，大批媒體隨行，前往佛光山參加水陸大會。陳其邁隨後也透露，11月9日早已拜訪星雲大師，還說，星雲大師是高雄人都非常敬重的長輩，而這是與宗教信仰相關，所以他與星雲大師是私底下自然互動，不會主動對外發布任何訊息。
佛光山2022年供僧法會於8月19日在雲居樓舉行，高雄市長陳其邁特別蒞臨現場為佛光山開山星雲大師獻上祝福！還說「佛光山是高雄市的支柱，未來佛光山的事就是高雄市政府的事情！」
星雲也時常捲入社會議題，太陽花學運期間，星雲表示：「他們以為自己在搞社運，是五四運動，但五四運動是對抗國際欺凌，這次學生是內鬥呀，不一樣啊！」；另一方面也指「立法院不開會、政府不做事才會導致人民反彈」，要王金平儘快重開立法院會議，馬英九快點出來面對。
在核四興建爭議案中，星雲在2013年8月26日公開支持政府興建核四政策，表示「災難不能避免，就要自求多福，國家要進步，核四的興建不能因噎廢食就此停建」。不過，2014年5月，《人間福報》刊出釋星雲撰文，「關於核四問題，他從來沒表示過意見，是大家要他表示。」「有人說，要把核廢料放在佛光山，感謝你的慈悲，成就我們的犧牲，佛光山真是榮幸，有這麼大的條件，也很願意為有心人做一些貢獻。」……「人以危險堅持反對興建核四，那麼，汽車不可上路，因為高速公路車禍太危險；飛機不准起航，因為空難太恐怖……依此，地球城市太小，人擠為患，大家都搬到山上與虎狼野獸同居，又有何不宜？」
星雲極關注兩岸關係，兩岸開放探親後，星雲開始到中國進行訪問及弘法。1990年前新華社香港分社分長許家屯同情民運遭調查，許家屯逃亡至美國，星雲提供洛杉磯西來寺讓許家屯暫時居住，星雲因此無法再入境中國。1994年經中國佛教協會會長趙樸初擔保，中國才再同意星雲入境。2000年之後星雲頻繁進入中國大陸弘法，與中共官方恢復接觸。2006年在江澤民接見星雲之後，星雲重新成為中共官方重要的賓客之一。
