佛光山表示，荼毘儀式經過3個多小時後，弟子們在為大師整理舍利靈骨時，發現有許多清淨白皙，光滑圓潤，宛如珍珠般大小的圓形結晶舍利子，有些散落、有些則坎在潔白的遺骨舍利中，更有無數小舍利子，數量目前都難以計算，令人震驚。大師舍利子色澤多為法乳般淨白，猶如他所坐之涅槃塔，其他還有紅、黃、藍、黑等琉璃光色的圓形結晶堅固子。還有遺骨舍利、舍利花等，莊嚴無比。
佛光山說，所謂舍利，是梵語śarīra遺骨之意。通常指佛陀的遺骨，佛陀遺體焚化後結晶而成的固體物，如佛骨、佛牙、佛頂骨舍利、佛指舍利等等。按佛教觀念來說，舍利形成原因，不是生理因素，也非食物結晶，而是日積月累長年修持，功德昭著的自然成就，是戒、定、慧三學熏修的成果。如《金光明經》卷四〈捨身品〉云：「舍利者，是戒定慧之所熏修，甚難可得，最上福田。」
佛光山表示，星雲大師燒出舍利子是大師一生修持，利益眾生的功德自然感得的結果。至於星雲大師為何要說，自己沒有舍利子呢？那是大師希望世人對佛法的認知應回到根本，而不是在有形、有相上求，不強調舍利子的信仰。一如大師曾說過，只有道德才是取之不盡，用之不竭的寶藏；能夠求證空無的真理，更是究竟解脫之道。星雲大師的真身舍利，應證了人間佛教的菩薩行者，以慈悲智慧在人間為眾生服務、落實三好、四給的行持，也是至高無上的法門。
佛光山表示，除了真身舍利外，星雲大師一生的行誼、法語開示、文字著作，如395本《星雲大師全集》等，都是他的法身舍利，若能閱讀後，提升自我道德修養，身體力行，才是真正平安幸福的解脫道。
昨晚8時，恭迎大師真身舍利奉安車隊從台29線緩緩駛進問道塔旁，由佛光山住持心保和尚手捧大師真身舍利步入萬壽園，四眾弟子夾道跪接，一路從問道塔至萬壽園，僧信綿延1公里，叩首恭迎舍利回山。
位於萬壽園中的星雲大師真身舍利堂，堂名兩側特別掛有對聯「星辰影裡那伽定，雲水光中自在身。」來感念大師的弘法願心；這副對聯是由在台灣佛教界享有「湖南才子」美譽的張齡，在生前以大師之名寫成。
星雲曾在《星雲大師全集》中提到，佛光山萬壽園的設立，是他早年前往泰國、菲律賓弘法時，參考當地墓園設計而規畫，於1974年獲得批准立案，是南台灣第一所合法墓園，這裡不僅有安葬、弔唁的地方，亦可供奉牌位，每天早、晚都有專人誦經念佛，環境明亮寬敞。
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