台北地檢署在起訴書中指出，審酌柯文哲有違市長就職宣誓條例所揭示應恪守國家法令、不收受賄賂等誓詞，圖予財團百億不法利益並收受千萬賄賂、侵占數千萬政治獻金，犯後尚於辦公處所遭查獲撕碎便條紙，上載指示共犯出境及木可內帳有無檢查等文字，足徵其諉言矯飾，犯後態度不佳，具體求刑28年6月，褫奪公權10年，併科罰金5千萬元。
檢察官係以柯文哲所犯對於違背職務之行為收受賄賂罪嫌，量處有期徒刑15年，併科罰金5千萬元，褫奪公權10年；所犯公益侵占周姓民眾等人所捐贈與民眾黨之政治獻金罪嫌，量處有期徒刑5年；所犯以木可公司公益侵占政治獻金罪嫌，量處有期徒刑6年；其所犯對眾望基金會背信罪嫌，量處有期徒刑2年6月。
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