台北地檢署在起訴書中指出,審酌柯文哲有違市長就職宣誓條例所揭示應恪守國家法令、不收受賄賂等誓詞,圖予財團百億不法利益並收受千萬賄賂、侵占數千萬政治獻金,犯後尚於辦公處所遭查獲撕碎便條紙,上載指示共犯出境及木可內帳有無檢查等文字,足徵其諉言矯飾,犯後態度不佳,具體求刑28年6月,褫奪公權10年,併科罰金5千萬元。
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檢察官係以柯文哲所犯對於違背職務之行為收受賄賂罪嫌,量處有期徒刑15年,併科罰金5千萬元,褫奪公權10年;所犯公益侵占周姓民眾等人所捐贈與民眾黨之政治獻金罪嫌,量處有期徒刑5年;所犯以木可公司公益侵占政治獻金罪嫌,量處有期徒刑6年;其所犯對眾望基金會背信罪嫌,量處有期徒刑2年6月。
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