此案審理時，尤振仲辯稱台鐵在事故前就知道普悠瑪列車有嚴重的主風泵故障問題，且影響列車安全，卻仍讓故障車上路，「依照我當時的操作，我沒有超速，我看到武荖天橋，就把電門把手收到75，車子在行進當中就是有問題存在，我也一直回報，所有的人也一直跟我聯絡，我也要求停車，調度員不讓我停車」。
尤男還說：「在國家運輸安全調查委會會的報告中，曾經顯示ATP(列車自動防護系統)的確有故障訊息出現，依照我們的駕駛經驗，列車限制動力，會覺得可能是ATP的限制，就像ATP的故障訊息，一年下來有6000多件，所以會合理懷疑就是ATP故障。」
但歷審依據事故相關調查報告及行車記錄器影像，認定尤男誤以為ATP系統故障，自行將ATP系統關閉，使列車失去ATP系統自動防護控制車速的功能，又疏未注意限制速度，以約140公里時速超速行駛，導致列車進入彎道後出軌翻覆，造成多人死傷，因此最高法院依過失致死罪判刑4年6月定讞。
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