余正煌的律師深夜發表聲明強調，余正煌的碩士論文都是自行撰寫完成，沒有任何部份抄襲林志堅所稱的「公版」情形，聲明指出，林智堅所主張2016年2月1日撰寫的文字，都是余正煌撰寫後交給陳明通，為避免被他人抄襲，而將APA註釋部分移除，所以林智堅稱的「初稿」，都沒有任何APA註釋。
對於陳明通12日發聲明稱，「余正煌論文中的研究計畫絕大部分來自林智堅的內容，余正煌只是增加一點文獻檢討並引註」等語，純屬無稽，凡寫過文章及論文者都知道，一篇沒有任何註釋的文章，是不可能知悉該段文字的出處，更不可能大海撈針地把引用文章找出來，這是常識問題，「不懂身為一個教授、且貴為國安局長之人，竟然提出此種看法」。
聲明指出，陳明通為本案利害關係人，更事涉自身退休前擔任台大教職的正當性，本應尊重台大內部調查，並靜候法院審理釐清，不應為了左袒林智堅，一再書立聲明稿、透過媒體放話，有失身為人師應有的風範格調。
再者，若陳明通主張2016年2月1日來源為陳明通撰寫的「公版」，而此「公版」整篇欠缺註釋下，身為台灣大學資深教授，豈非自認大量抄襲其他學者的著作，而未有引註，如此說法顯然荒謬至極。
聲明並痛批，陳明通身為國安局長，在國際情勢動盪、兩岸情勢不穩，卻以私害公，為了林智堅的論文，傾全力對付余正煌，恐與身兼國安局長重責大任有違，務請三思。
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