為配合西九州新幹線的開通，長崎車站於2020/3/28全面高架化，相關服務也移轉到全新的長崎車站大樓，新的長崎車站為第五代長崎車站，設計規劃將當地的山海特色景觀融入視野內，從月台就能眺望到開港已有450年歷史的長崎港以及姿態優美的女神大橋。此外，由於長崎站為始發站，這裡還能拍攝到列車並列的正面照片，是鐵道迷不能錯過的角度。
另外，長崎車站及其周圍也陸續有新設施進駐，包括2021年11月落成的「出島MESSE長崎」，是長崎首座大型展覽會場。位於出島MESSE長崎旁的「長崎希爾頓飯店」於2021年11月開幕後，2024年初還有位於新長崎站大樓高樓層的「長崎萬豪酒店」即將落成。
長崎站內還有今年3月全新開幕的「長崎街道海鷗市場」，裡面網羅了長崎的各種特產，以遊客最愛的伴手禮店跟餐廳為中心，一共有54間店鋪，是旅客逛街採買絕對不能錯過的地點之一。
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