李光申遭《鏡週刊》爆料指出，在擔任台北市立聯合醫院副總院長時期認識女助理小珮（化名），李光申隱瞞已婚身份和小珮交往，期間許諾盡快離婚、未來有望成立生技公司「錢途」大好，甚至安排小珮進陽明交大念EMBA，成為自己的學生。
小珮更稱不倫戀期間，自己薪水是國家支付，出遊用餐是EMBA富學生買單，更會趁著藥商研討會之便2人一同到五星級飯店過夜，但當小珮提分手時，李光申稱自己有「特殊體質」，也聲稱和黑白兩道很熟、對其進行施壓，也將2人不倫戀狀況告訴小珮家人，2人不歡而散，小珮也忍受不了憤而向週刊爆料。
對此，陽明交通大學表示，該校臨床醫學研究所教授李光申在民國109年就借調到中國附醫，學校部分已沒有服務。早上校方已有看到週刊相關報導，校內性平會也已經立案，後續會持續調查
陽明交大表示，對於校內性別事件相當重視，無論是老師、或是學生，都呼籲要尊重相關議題。
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