「小三通」為中國福建省與中華民國金門縣、連江縣間進行小規模的通商、通航和通郵，可讓兩地直接往來，新冠肺炎疫情爆發後至今已停航近2年，而近期疫情趨緩且農曆春節將至，各界關注小三通是否有望復航，指揮中心也提出兩大考量關鍵，包括中國疫情變化、中國防疫措施變動等，並考量金馬地區本身量能。
不過，指揮中心指揮官王必勝日前突然在深夜於臉書發文稱，中國官方確診個案數連續2周下降，最高峰僅3萬多人確診，對於剛從清零大轉彎到共存的14億人口國家，這相當不合理，已顛覆世界對此疾病的認知，短期內很難評估要再進一步做什麼交流，而指揮中心發言人莊人祥也說，現在很難評估中國實際疫情。
此外，當指揮中心傳出質疑對岸疫情數據不久後，行政院院長蘇貞昌也說，中國政府突然對疫情「蓋牌」，覺得這不太妙，要更加警惕。
中央接連拋出針對中國疫情的擔憂，讓小三通上路再現問號，不過國內醫師卻有不同見解，對於小三通重啟， 感染症權威、台大兒科教授黃立民笑說：「當然是能開呀！為什麼不能開？」他指出，只要做好防疫因應就沒問題，中國疫情、防疫措施變動都不是重點，因為｢全世界的疫情數字可信度都堪憂，一定是低估的」，很多人快篩也不見得通報，目前數字絕對不能反映真實狀況。
黃立民強調，中國不強制封控，疫情一定會蔓延，但中國疫情固然重要，但目前境外移入確診，各國比例沒差很多，就看「哪個國家進來的人多」，從這方面來看，而小三通以商業性質為主，雖不清楚實際上能來多少人，但不認為會非常多，且即使開放後疫情超出預期，屆時再調整即可。
另王必勝日前赴金門了解當地防疫量能，指揮中心指出，部立金門醫院目前共設有32床(含負壓隔離病房4床)，收治住院對象主要為中重症確診患者，及因其他疾病經醫師評估有住院治療必要的確診者，若有需要，最大收治量能可達52床。
對此黃立民指出，現有的32床量能是否足夠，就看怎麼處理確診者，既然當地醫療資源相對緊繃，非必要就不讓病人留在金門，從中國來的就回大陸，從台灣過去就返台，當地只留少數不太能移動的患者。
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