林姿妙涉犯貪污圖利罪一審判刑7年、褫奪公權6年、洗錢罪判3年6月，她另涉犯《貪污治罪條例》公務員財產來源不明罪則被判刑2年6月、褫奪公權2年，合併執行12年6月、褫奪公權6年。
依照內政部《地方制度法》第78條第1項規定，地方縣市長涉嫌違反圖利罪以外的貪污治罪條例之罪，經一審判處有期徒刑以上之刑者，應停止其職務，除了圖利罪要到二審才停職，其餘一審判決有罪就須停職，因此，內政部依《地方制度法》規定，林姿妙一審因財產來源不明判決有罪，去年12月31日起被內政部停止縣長職務，並由副縣長林茂盛代理縣長職務。
林姿妙不滿僅因財產來源不明罪一審判刑就被停職，經與律師討論後，該處分依據的法規有疏漏，決定向行政院提訴願，要求停止執行停職，其訴願申請書已於1月10日送達行政院，另外，她也向台北高等行政法院聲請停止執行，訴狀已於1月13日送達北高行。
林姿妙的訴願申請書指出，88年地方制度法立法時，僅觸犯《貪污治罪條例》第4條至第6條須停職，第6條之1的財產來源不明罪是98年《貪污治罪條例》修法時新增，而財產來源不明罪的刑度遠低於圖利罪（財產來源不明罪法定刑度為5年以下；圖利罪法定刑度為5年以上），既然法定刑度較重的圖利罪皆須第二審判處有期徒刑才停職，法定刑度較輕的財產來源不明罪，法律效果不應比圖利罪還重，因此提訴訟要求停止執行停職處分。
