食藥署說明，新鮮蜂蜜含有酵母菌、乳酸菌及大量酵素，成分會隨保存環境、溫度及濕度產生變化，其實還是趁新鮮吃營養價值最高。
不過，吃不完的蜂蜜的確不必放入冰箱，放置於攝氏18-25°C室溫即可，但若存放環境溫度高於攝氏30°C或受陽光直射，蜂蜜中的糖類會加速「梅納反應」，轉變為羥甲基糠醛（HMF）並導致褐化，這是蜂蜜變質的主要原因，營養價值也會大幅降低。所以蜂蜜注意得在室溫環境下避光收藏。
食藥署提醒，開封過的蜂蜜還是儘快食用完畢，避免不當存放導致蜂蜜變質，另蜂蜜可能含有肉毒桿菌的孢子，這對寶寶影響較大，尤其1歲以下嬰兒的腸道免疫系統尚未成熟，應避免食用蜂蜜。
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