國境10月13日解封，立委賴香伶昨(9/30)在立院質詢，問及嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例期限至明年6月30日，指揮中心是否設置到明年6月底？衛福部長薛瑞元回應「是」，並解釋說，因為許多銜接事務是在指揮中心的命令下執行，但國內疫情還沒到低點，指揮中心有很多事要做，可能沒那麼快退場。
指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳則說，何時開設指揮中心有明確依據，但何時退場，其實沒有清楚規定，主要看疫情，現在包括邊境解封、階段性鬆綁都不是疾管署可處理，還需要其他部會幫忙，指揮中心何時解編比較恰當，還是由指揮中心或行政院去考慮。
張上淳也說，指揮中心解編或降為三級開設，或新冠肺炎改成第四類法定傳染病，這都要看這波BA.5疫情下降程度、速度，開放入境檢疫0+7對這波高峰下降有何影響仍待觀察，指揮中心能否今年底前解編，還沒法預估。
不過，前疾管局長蘇益仁認為，國境快開放了，且現在新冠確診個案99.5%是輕症，中重症和死亡率愈來愈低，已成流感化傳染病，並不適用第五類法定傳染病，恢復常態防疫體系時間已到，日本10月起也只要求高齡及有重症風險者確診再通報即可。
根據《傳染病防治法》，指揮中心三級開設由疾管署署長擔任指揮官，二級開設是衛福部長，一級開設是行政院長，蘇益仁質疑，現在指揮官是衛福部次長王必勝，指揮中心到底是一級或二級開設？指揮中心定位和法定傳染病分類都有問題。
蘇益仁指出，陳時中卸任後，指揮中心照常運作，王必勝若離開，疾管署長周志浩也可指揮，指揮中心解散並不影響台灣防疫，當然指揮中心也可不解散，但應降為三級開設，由周志浩擔任指揮官。
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