共同社報導，調查事故原因的日本運輸安全委員會15日發表初步報告，指打撈上岸的船體的客艙前部1塊玻璃碎裂，船艙艙口的鋁合金蓋子也脫落，船體一側的卡扣也有磨損，顯示固定裝置沒有充分鎖緊。
據事故發生2天前參加救生演習的人員表示，艙蓋處於無法牢牢固定的狀態，因此安全委員會判斷艙蓋在航行途中鬆開。
報告推斷事故經過，研判船首附近甲板約50公分見方的艙口（與船艙的升降口）蓋子未密閉，之後被海浪拍打導致鬆脫，並將窗玻璃撞破，海水灌入客艙前部加速了船體傾斜。再加上艙口對於駕駛室屬於死角位置，且船首進水時船身傾斜較小，未能及時發現異常，隨著進水量增加，船體也迅速沉沒。
甲板下雖有3道隔牆將船艙和輪機室隔開，但均有開口，無法防止進水蔓延。安全委員會認為，若隔牆沒有開口，進水僅限於船首附近，不會導致沉船。
安全委員會透過乘客手機的位置訊息鎖定航跡，並根據當時氣象資訊推測浪高。推測船隻從港口啟程時，浪高約10~20公分，在知床岬折返時，已超出運航公司「知床遊覽船」判斷停止航行的1公尺標準。研判沉船處附近的浪高可能達到2公尺以上。
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