針對《軍人待遇條例》修正案未經覆議、並由總統府公告實施，林濁水28日在臉書發文表達強烈不滿。他批評，修法過程顯示朝小野大情勢下，行政部門失去制衡權力，國會反而「上身下放」，掌握政策決定權卻不需負政治責任，恐為國家治理帶來長遠隱憂。
林濁水指出，藍白陣營主張軍人待遇修法是基於國安情勢嚴峻、需鼓勵從軍，然而實際上台灣已恢復義務役制度，是否應再以高薪吸引志願役，值得討論。
他質疑，與其提高薪資，是否應優先考慮軍人的生命安全保障，尤其當立法院同時削減凍購武器預算，對軍人安全保障反而形成矛盾。
林濁水並以新加坡為例指出，該國2024年人均所得為89,370美元，兵役兩年；反觀台灣僅39,383美元，役期僅一年，但義務役薪資卻在藍白修法下超越新加坡，質疑政策合理性與長期可持續性。
針對民進黨未提出覆議，林濁水表示，主因在於朝小野大的政治結構下，總統無否決權，覆議等於徒勞無功。他並指出，即使尋求釋憲也已行不通，在「大罷免」情勢壓力下，執政黨選擇不再抵抗，以降低罷免推動的政治風險。
林濁水憂心，這樣的發展將體制從過去行政主導的「行政院立法院化」，轉變為立法主導、行政機構僅成「立法院執行局」，形成權責失衡。他直言：「這是藍既掌握國會，卻不必負責任時，國家的下場。」
他回顧憲政變革歷史，批評當年取消國會對行政院長的同意權時，有人形容是「一套西裝換四條內褲」，總統可為所欲為。然而他當時就曾警告，若總統無法掌控國會卻仍採總統制，將出現重大危機，如今果然應驗。他嘲諷修憲結果讓總統與國會「雙雙穿著內褲上陣」，喪失制度體統。
對於當前大罷免的政治布局，林濁水也表達憂慮指出，原本試圖藉此改變朝野局勢，但民意風向未明，恐反遭反噬。他呼籲，民進黨應正視體制失衡問題，勇於推動真正穩定國家的修憲工程，即便艱難也須扛起歷史責任，否則連「苟安」都難求。
