國民黨與民眾黨團提議「通案統刪」，內容包括大陸地區旅費、國外旅費及出國訓練費、國內旅費、水電費、特別費等，均不得流用；設施養護費、軍事裝備等統刪3%，一般事務費統刪10%，媒體政策及宣傳費統刪60%，還指出若沒有達到刪除939億，就必須補足刪除至939億。
行政院長卓榮泰對此批評，立法院審查程序相當混亂與不專業，包括對提案單內容塗改，內容無法清晰辨識；同一筆預算遭重複刪減，刪減數額超過預算數；以及表決通過後又撤案，這些都創國會之先。
卓榮泰續指，某些提案毫無邏輯可言，例如在野黨團宣稱，為提升糧食自給率，故凍結農業部農糧署及所屬業務費70%；為促進行政院公共工程委員會職能，故凍結其業務費50%；刪減外交部「國際合作關懷及加強雙邊及多邊合作」預算4億元，起因是中國與宏都拉斯建交後，不履行承諾購買宏國白蝦；減列國家人權業務超過70%；以及減列法務部檢察業務3,000萬元。這些刪減和凍結的提案毫無邏輯可言，再加上立法院先前表決要求「各項通案刪減項目之外，不足額仍要刪減到939億規模」，令人不禁懷疑很多提案都是「為刪而刪」。
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國防部業務費遭凍結30%，潛艦國造後續預算凍結50%，無人機產業園區預算凍結30%；國防部副部長柏鴻輝對此沉痛表示，這已造成國際看待台灣捍衛自己國家的決心很大的隱憂，希望立院能給「戰略型武器」潛艦最大的支持空間，告訴世界台灣有捍衛國家安全的決心。
柏鴻輝表示，這些刪凍費用將直接影響油料、彈藥、原料件籌備，差旅費被通刪又不能流用，也導致新興戰力裝備無法接裝，直接影響戰力，而「影響到我們戰力誰最高興，中國最高興」。
數發部預算共被刪減35.82億元，比例高達4成。數發部長黃彥男沈重呼籲，許多出國預算被歸零，恐導致無法參加國際資安會議，聯合國會議也可能進不去。黃彥男表示，數發部許多業務攸關經濟發展、資安防護，包括補助資安院、電信技術中心等重要研發單位的費用都遭刪除，如今好不容易看到成果，「是不是叫我們舉手投降，跟詐騙集團說，我以後沒有新的技術防禦？」
監察院也被刪幅高達96%，包含一般行政、調查巡察、議事業務及國際監察事務預算盡數刪除；另人權業務預算亦近乎全數刪除，嚴重危害監察院業務執行，導致監察院無法依據憲法行使職權，影響人民權益、國家安定及國際聲譽，勢必造成監察院之憲政職責、公職人員財產及政治獻金等申報、裁處等業務執行，全面停擺。
監察院秘書長李俊俋表示，。憲政機關應基於權力分立、相互制衡原則，使國家機關順暢運作，而非以法案擴張權力，或提出政治性報復提案無理刪減預算，致國家機關近乎停擺。為維護監察職權正常行使及依據憲法及法律執行各項業務，監察院不排除提出憲法訴訟，表達憲政機關立場。
經濟部挹注台電經費1000億也遭全數減列，台電強調，俄烏戰爭造成燃料價格上漲，對世界各國均造成衝擊。各國政府除調整電價，也同步藉財政預算補助減輕用戶負擔。近年來我國電價比韓國、法國、英國、德國等國家低廉，燃料成本上漲多由台電吸收，形同補貼民眾用電，藉此讓物價通膨相對溫和。立院刪除補貼預算，勢將影響台電未來穩定民眾用電成本的能力；台電也說，若設備無法換新，不只要多花維修保養的人力，也難以改善供電系統的穩定度。
文化部方面，初步估計共刪除11億、凍結34億，達到文化部史上刪凍最高紀錄。文化部長李遠表示，對外發聲的國際頻道及通訊社，以及讓世界看見台灣的文化黑潮，被全數或大幅刪減，形同要讓台灣文化在國際噤聲；典藏及專業修護台灣作家手稿、畫作、攝影、電影作品等的聯合庫房預算，也被全數刪除。文化部試問，「難道台灣藝文工作者不值得一個更好的蒐藏環境嗎？」
李遠也沉痛表示「在無止盡的羞辱後，收下這個處處都是彈孔的預算書。原本以為我們已經搶救回什麼，其實，我們拿到的還是一份招降書。」
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