行政院發言人林子倫今天表示，太魯閣號0402事故已逾兩年，8月31日接連在事故車廂發現有遺物、遺骨未清理完成，為此，行政院特別向家屬致上最誠摯歉意，並要求相關單位儘速完成後續檢討與處置事宜，以最快速度將遺物歸還家屬，並再次清楚說明相關事件處理經過。
林子倫表示，行政院副院長鄭文燦已於今日邀集相關單位召開會議檢討，會中責成交通部、台鐵局、運安會、檢、警、消防等所有參與調查單位均應檢討是否未盡週到之處。同時請台鐵局擔任關懷小組窗口秉持同理心與家屬密切聯繫，主動協助家屬歸還遺物及對於家屬的疑問清楚說明事件處理經過。
林子倫轉述，很多遺物當時因車輛擠壓變形而壓在底下，需拆卸後始能發現，後續台鐵局應邀集檢調、運安會及家屬代表等進行車廂清理工作，以避免遺漏，俟清理完畢後，車輛將保留作為安全教育使用。
針對近日發現的人類骨頭碎片及牙齒，林子倫轉述指，均已由法醫研究所協助進行DNA型別鑑定，並儘速與花蓮地檢署原有建檔資料比對確認；行政院亦請台鐵局主動協助家屬，以最方便的方式領取，務求最短時間内妥善處理完畢。
鄭文燦今召開會議檢討，會中指示建立移交清點機制：
（一）與會單位務必儘速就轄區內事故車廂確實地毯式清查是否尚有疑似人類骨骼及有無旅客、被害人之遺留物品，並儘速清理。
（二）所尋獲之疑似人類骨骸，由桃園地檢署、基隆地檢署儘速協調法醫研究所比對確認被害人身分，經確認後將被害人身分資料造冊，統一交花蓮地檢署聯絡家屬，依家屬意願決定是否領取或如何領取，一切以家屬便利為原則。
（三）所清理之非屬車廂物品，臺鐵局不能只是循前例於網路上公告招領，應由臺鐵局組成關懷小組，主動聯繫被害人家屬，告知相關公告招領資訊，並成立單一窗口受理家屬諮詢，及對物品發還方式、程序訂立明確規範協助家屬認領。
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