1988年5月20日，台灣發生大規模農民抗爭行動「520農民運動」，當時農民團體於農運提出7項訴求，「成立農業部」即屬其中訴求之一。如今事隔近35年，立法院院會今天三讀通過《農業部組織法》，該法包括8條條文，明定農業政策、農業資源永續利用、農民輔導、畜牧業及動物保護、農業科技、國際及兩岸農業貿易合作、農業資訊管理與資通訊應用發展，及所屬機關各項農業相關政策督導作業等10項農業部業務。
正式三讀通過的《農業部組織法》也明定農業部將下設8個三級行政機關，如農糧署、漁業署、動植物防疫檢疫署、林業及自然保育署、農村發展及水土保持署、農田水利署、農業金融署、農業科技園區管理中心。另外7個三級試驗研究機構，分別為農業試驗所、林業試驗所、水產試驗所、畜產試驗所、獸醫研究所、農業藥物試驗所、生物多樣性研究所。
另配合調整農業部內部單位及所屬三級機關名稱，所屬三級機關雖增加業務，但依然精實機關編制，均以原機關改制，不另增設三級機關。農業部本部設8司，分別為綜合規劃司、農民輔導司、畜牧司、農業科技司、國際事務司、資訊司，而動物保護司、資源永續利用司則為新成立；農業部本部6處則分別為秘書處、人事處、政風處、會計處、統計處、法制處。
農業部所屬機關，設置8個三級行政機關、7個三級試驗研究機構，除將相關業務區塊進行整併，並依《中央行政機關組織基準法》第6條規定調整機關名稱外，尚無增設新機關。
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