《交通部組織法》通過條文明定，交通部下設觀光署、中央氣象署、公路局、高速公路局、鐵道局、民用航空局、航港局等７個三級行政機關，及運輸研究所1個三級研究機構。前述8個三級機構之組織法草案，也分別於今天院會中審查通過立法。
現行的觀光局轉換成觀光署，負責政策規劃與執行業務，未來將以觀光立國、觀光主流化為發展願景，透過「Tourism2030台灣觀光政策白皮書」六大施政主軸推動，讓觀光產業成為帶領國家經濟發展的火車頭。
根據今日三讀通過的《交通部觀光署組織法》，觀光署設有署長一人，可採常務或政務雙軌制，另設附署長二人，採常務任命。
而現行的中央氣象局也升格為中央氣象署，將整併附屬氣象測報機構，加強統籌運作效能，支援國家整體氣候風險控管與進行災害防救、農工業生產、生活保健、國土保育等資源應用。
其他次級機關職掌業務，尚有「公路局」執行公路新建、養護、監理及運輸管理；「高速公路局」執行國道新建、拓建、養護工程及交通管理控制事項；「鐵道局」執行鐵道系統新建、改建工程、營運監理及所屬場站開發；「民用航空局」執行民航事業管理、航空保安、航空站經營管理、監理及航空自由貿易港區管理；「航港局」執行航運事業、船舶、船員與港政監理、商港自由貿易港區管理及航行安全等。
《交通部組織法》修法施行日期，由行政院以命令定之。
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