立法院三讀通過《行政院組織法》第三條修正案，確定行政院本次組織大改造。在內政部方面，營建署業務調整，將全國建築、國土規劃及都市發展等業務移入「國土 管理署」，國家公園管理業務移入「國家公園署」；消防署由原機關改制；又配 合兵役政策調整，不再設置役政署，其業務納入內政部本部。
而農業部方面，農委會原有業務將整併至農業部，如林務局整併國軍退除役官兵輔導委員會榮民森林保育事業管理處，改制 為「林業及自然保育署」；其餘 14 個三級機關均由原機關改制。
在經濟部方面，因應商業型態推陳出新及相關輔導需求增加，新設「商業發展署」；現 行礦務局及中央地質調查所整併為「礦業管理及地質調查中心」；其餘 8 個三級 機關均由原機關改制。
交通部部分，為強化觀光局及中央氣象局政策規劃功能，調整改以「署」設置；其餘 6 個三級機關（構）均由原機關改制。
在環境部方面，則由現今環保署業務改制，為明確化學物質管理，並強化政策規劃功能，將毒物及化學物質局改制 為「化學物質管理署」；因應全球氣候變遷達成 2050 淨零排放目標，以事權統一 統籌調度廢棄物處理設施，及整合環境管理、強化區域環境治理等政策重點，新 設「氣候變遷署」、「資源循環署」、「環境管理署」；現行環境檢驗所及環境 保護人員訓練所整併為「國家環境研究院」。
最後，原行政院二級機關「原子能委員會」，為提升核安管制機關的獨立性和管制效能，改制為獨立機關「核能安全委員會」，並納入所屬「放射性物料管理局」業務 ；另「核能研究所」改制為行政法人「國家原子能科技研究院」，以強化研究量 能，及提供核能安全委員會專業性之技術支援。
另外，考試院也提出攸關組織改造的《考試院組織法》修正草案，並獲立法院三讀通過。
考試院所提出的組織改造重點，為整併考試院及銓敘部具監理功能的相關單位，將本院組織由現行二部二會（考選部、銓敘部、公務人員保障暨培訓委員會、公務人員退休撫卹基金監理委員會）的架構，調整為二部一會，公務人員退休撫卹基金監理委員會業務整併至銓敘部，另成立監理司，以統整公務人員個人專戶退撫新制相關事權。
此外，通過的新版《考試院組織法》中也明定考試院各職稱的官等職及員額，另以編制表定之，以符合準用中央行政機關組織基準法規定的體例。
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