黃良雄在台大土木系研究所任教近30年，也曾擔任台大水工試驗所主任，但他在退休前，被檢舉2009年到2019年擔任台大教授期間，用助理及人頭詐領國科會等相關研究計畫補助。
2009年8月至2019年3月間，台大受經濟部水利署、行政院國科會、內政部營建署等單位委託，辦理「因應氣候變遷區域淹水模擬與災害管理規劃技術研究」、「溫泉開發及使用評估技術檢討」、「極端降雨下都市淹水模擬計畫」等研究，而這些計畫研究都是由黃良雄負責。
檢方查出，黃良雄為了核銷研究經費，指示張姓博士生向其他學生、研究助理索取他們親友的帳戶，當人頭掛名擔任臨時工或研究助理，並製造不實出勤簽到表，詐領研究經費，此外，黃良雄還找岩層公司邱姓負責人提供不實發票、估價單，讓他申請業務計畫費，總計詐得381萬8700元，台北地檢署今依涉犯詐欺、偽造文書等罪將他起訴。
至於張姓博士生、邱姓業者，以及其他涉案等11人，因認罪獲緩起訴。
黃良雄去年底遭檢調搜索約談時，當時拄著拐杖走進台北地檢署，被媒體問到「有沒有A錢？」他稱「是我學生爆的」，指學生因畢業不順利，才挾怨報復檢舉他，但今遭檢察官打臉。
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