2020年8月28日館長遭槍擊，右側股骨開放性骨折、右上臂、右大腿、右小腿、左踝等處也受傷，大量出血險死，所幸送醫撿回一命，事後槍手劉丞浩主動投案，檢警也查出全案為寶和會密謀策畫，陳之漢則委任黃國昌擔任律師，全案審理時，黃國昌在法庭爆料，寶和會前會長邵柏傑透過陳明文辦公室，向監獄辦理特見，讓會中成員探視寶和會的槍手黃啟文、陶彥誠，引發譁然。
對此，陳明文秀出法務部矯正署函文自清，更在臉書發文公開與館長合照，強調「有誤解就當面溝通，大家目標都是一致，共同打擊組織犯罪。」
但貼文遭黃國昌截圖轉發批評，「陳明文要消費這張照片，我只有兩個簡單的問題，請問陳明文，幫忙寶和會辦的『選民服務』，那位選民是哪位大哥？請問陳明文與寶和會老大邵柏傑又是什麼關係？為何先是邵柏傑的兄弟鍾文智打電話給北監典獄長謝琨琦，幫寶和會槍手辦特見，等謝琨琦退休後，改由陳明文幫寶和會槍手辦增見？」
2021年11月，黃國昌又爆料，「一個受雇殺人、猖狂殘暴的犯罪組織，黑幫老大可以在小弟開完槍、扛責入監後，找立法委員、找金融重犯幫忙請託辦理特見、增見，好安排處理用安家費封口的事宜，然後法務部的典獄長也乖乖配合！對，我在說的暴力組織就是寶和會、就是立委陳明文、就是金主鍾文智、就是典獄長謝琨琦！」
陳明文不滿名譽受損，怒告黃國昌，台北地檢署調查後發現，陳明文辦公室確實有多次幫忙槍手辦理增見，縱使陳明文稱是有民眾來請求才協助，屬於選民服務，至於監所會不會通過，不一定有把握，但檢察官認為，既然有會客資料就能證明黃國昌所說無誤，陳明文為什麼要幫忙那麼多次，是可受公評之事，將黃國昌不起訴。
不過，館長槍擊案並未落幕，今年8月間，館長開直播時，有網友留言「阿館是不是因為民進黨沒幫你處理槍擊案，想報仇？」他回應「不是民進黨不幫我處理槍擊案，是自從我的槍擊案發現是民進黨叫人來的，這樣你懂嗎？」等語，並點名余天、陳明文等綠委涉入其中，對此，民進黨發言人張志豪批館長公然散布不實訊息，嚴重影響民進黨的聲譽跟形象，已交由大選律師團研議，不排除採取法律行動。
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