林智堅於2008年在中華大學科技管理研究所的《以TCSI模式評估國內某科學園區之週邊居民滿意度》論文，在去年7月間被當時國民黨籍台北市議員王鴻薇召開記者會質疑其論文抄襲，隨後林智堅另一篇在就讀台大國發所的碩士論文，由時任國安局長陳明通所指導的《三人競選之中槓桿者的政治社會基礎及其影響—以2014新竹市長選舉為例》，也被爆炒襲同所碩士生余正煌《2014年新竹市長選舉研究：以林智堅勝選的政治社會基礎分析》。
由於林智堅不認抄襲，同年7月24日、8月9日，於民進黨中央黨部，針對論文爭議召開記者會，林智堅表示，論文題目、研究大綱、研究設計寫作都是原創，絕無抄襲，最關鍵的證據就是，自己比余正煌還先繳交研究計畫。林智堅還說，指導教授陳明通在2016年2月1日就把他的研究計畫寄還，後來余正煌為了趕畢業年限，陳明通建議余正煌更換論文題目，並把林智堅的民調資料、論文大綱初稿寄給余正煌參考，因此2人的論文才會如此雷同，暗指是余正煌抄襲。
余正煌不僅向台北地院自訴控告林智堅違反《著作權法》，另向台北地檢署對林智堅提告加重誹謗罪。
不過今年6月台北地院開庭時，林智堅和余正煌達成和解，林智堅同意捐30萬元做公益，並認了過去批評余正煌不恰當，余正煌對2案均撤回告訴，台北地檢署今天因而針對妨害名譽案將林智堅不起訴。
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