林智堅於2008年在中華大學科技管理研究所的《以TCSI模式評估國內某科學園區之週邊居民滿意度》論文，在去年7月間被當時國民黨籍台北市議員王鴻薇召開記者會質疑其論文抄襲，隨後林智堅另一篇在就讀台大國發所的碩士論文，由時任國安局長陳明通所指導的《三人競選之中槓桿者的政治社會基礎及其影響—以2014新竹市長選舉為例》，也被爆炒襲同所碩士生余正煌《2014年新竹市長選舉研究：以林智堅勝選的政治社會基礎分析》。
事後兩本論文均被認定有抄襲情事，接連下架，林智堅並被兩校撤銷其碩士學位，因而宣布退選桃園市長。其中台大國發所的部分，去年8月台大以余政煌的論文完成時間早於林智堅，且內容多處重複，因此認定林智堅抄襲，撤銷其學位。
由於林智堅不承認抄襲，余正煌為捍衛自身權利委由律師張祐齊、吳俊達、曾威凱，自訴林智堅違反《著作權法》，沒想到引來林智堅開記者反批「顛倒是非、太不厚道」，余正煌也加碼遞狀提告林智堅加重誹謗罪嫌。
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