林智堅論文抄襲案11日開庭，但早在開庭前一天，立院朝野黨團審查國安局預算時，國民黨指陳明通擔任台大國發所長及教授時，利用學術地位替林智堅論文抄襲案掩護、圓謊甚至甩鍋，加上後續鄭文燦的論文同樣因抄襲遭撤銷學位，指陳明通不適任也不適格，要陳明通正式公開對國人道歉，並知所進退請辭下台。但陳明通卻起身對立法院長游錫堃說，「林智堅的案子，很確定是一個冤案」。
而北院11日下午開庭，林智堅和余正煌的律師當庭交鋒，雙方都主張自己先完成論文初稿，是對方抄襲，最後余正煌律師忍無可忍爆料指，余正煌當初為了避免論文初稿被他人使用，刻意刪光所有引註，而林智堅的論文都沒有引註，可見是林抄襲。
對於余正煌律師的說法，陳明通11日透過律師發表聲明力挺林智堅，強調當初余正煌把論文初稿寄給陳明通時，刪除引注部分，所以陳明通寄給林智堅時，或許林抄的時候沒有注意，才沒發現引注問題，可證林智堅抄襲事實非常明顯，此等言論顯然與事實不符。
陳明通的律師聲明寫道，他2016年1月5日以電子郵件的方式寄送論文寫作底稿和格式給余正煌參考，但檢視余所提供給法院的證據，在1月28日的論文進度，最核心的研究設計仍毫無進度，但2月1日林智堅的研究計畫，卻在他的指導下完成雛形，短短兩三天內，仍屬這領域初學者的余正煌不可能完成研究設計寫作，也沒有交付或寄送給他論文最新進度，他更無從也無理由將余的檔案交給林，「所謂林智堅抄襲余正煌論文，完全不是事實」。
陳明通的聲明並指，2月中旬余正煌找他時，他將林智堅已完成雛形的論文計畫給余參考，事後余寄給他的研究計畫跟論文，在研究設計這部分，「絕大部分皆來自林智堅2月1日的內容」，只增加一些文獻探討，暗指余正煌抄襲。
對於陳明通的說法，余正煌的律師12日深夜發表聲明強調，余正煌的碩士論文都是自行撰寫完成，沒有任何部份抄襲林志堅所稱的「公版」情形，聲明指出，林智堅所主張2016年2月1日撰寫的文字，都是余正煌撰寫後交給陳明通，為避免被他人抄襲，而將APA註釋部分移除，所以林智堅稱的「初稿」，都沒有任何APA註釋。
對於陳明通聲明稱，「余正煌論文中的研究計畫絕大部分來自林智堅的內容，余正煌只是增加一點文獻檢討並引註」等語，純屬無稽，凡寫過文章及論文者都知道，一篇沒有任何註釋的文章，是不可能知悉該段文字的出處，更不可能大海撈針地把引用文章找出來，這是常識問題，「不懂身為一個教授、且貴為國安局長之人，竟然提出此種看法」。
聲明指出，陳明通為本案利害關係人，更事涉自身退休前擔任台大教職的正當性，本應尊重台大內部調查，並靜候法院審理釐清，不應為了左袒林智堅，一再書立聲明稿、透過媒體放話，有失身為人師應有的風範格調。
再者，若陳明通主張2016年2月1日來源為陳明通撰寫的「公版」，而此「公版」整篇欠缺註釋下，身為台灣大學資深教授，豈非自認大量抄襲其他學者的著作，而未有引註，如此說法顯然荒謬至極。
聲明並痛批，陳明通身為國安局長，在國際情勢動盪、兩岸情勢不穩，卻以私害公，為了林智堅的論文，傾全力對付余正煌，恐與身兼國安局長重責大任有違，務請三思。
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