余正煌的律師張祐齊在提告前受訪說，余男因為職業關係(調查官)不便面對媒體，論文事件在政治上或許已經終結，但在法律上、清白上並沒有完整說明，林智堅至今也沒有承認抄襲，「所以我們只能提告，保障余先生的權益，並無政治考量」、「選擇自訴是因為事證明確，有台大學倫會的報告，也有我們自行比對2本論文的結果，所以就跳過檢方偵查階段，提起自訴」。
律師說明提自訴原因
余正煌的另名律師吳俊達則說，林智堅到目前為止都沒有為抄襲之事道歉、說明或回應，甚至陳時奮(筆名翁達瑞)到現在還一口咬定余正煌是理虧的、林智堅沒有任何的錯，所以有必要透過自訴，由法院還給余男公道與清白。
此外，吳俊達說：「為什麼要提自訴，很簡單，目前是選舉期間，我們無意給地檢署製造過多壓力，讓檢察官去處理這個可能有政治意涵的案件，因此決定透過公開法庭審理，一一檢視相關事證，除了向台大調閱資料，也不排除傳訊證人，包括從頭到尾力挺林智堅的鄭運鵬等人，請他們到法庭說明，為何至今堅信林智堅沒有抄襲論文，也透過對質，讓林智堅到法庭說清楚，他這本論文當時是怎麼生成的，是否參考了余正煌論文的內容。」
至於林智堅先前主張余正煌在論文中有引用他的民調資料，吳俊達表示：「不能說我向你借醬油滷了一鍋豬腳，你就說整鍋豬腳是你的。」另外，媒體問到是否將向林智堅求償、控告妨害名譽，吳俊達表示都在考量中。
台大調查論文疑雲期間，3度邀請林智堅和指導教授陳明通出席，另請余正煌出席2次，但林智堅和陳明通都沒現身，只有余正煌出席1次說明，台大審定委員會日前認定林智堅論文的摘要第一、第三、第四章及結論都大幅度抄襲余男的論文，甚至連英文錯字都一模一樣，不符學術倫理要求。
林智堅的台大國發所碩士學位隨即被撤銷，他也灰頭土臉宣布退出桃園市長選舉，但風波並未就此平息，林男的中華大學碩士論文也遭檢舉抄襲，中華大學審議後，8月24公佈調查結果，認定林男抄襲，並撤銷他的中華大學碩士在職專班學位。
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