全教總指出，台東縣某國小校長涉及偽造文書、詐欺已遭判刑，而在澎湖縣某國中校長酒駕後遭送辦，2人卻仍繼續參與校長遴選或是擔任校長一職，類似情況不勝枚舉，痛批教育部行政怠惰、包庇不適任校長，縱有《國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法》草案公布，從其立法思維以及相關法律的配套措施仍有存在許多缺失，參照的法源包括10年未修的《教育人員任用條例》，然而《教育人員任用條例》也有部分條文參照修正將滿5年的《教師法》，不過《教師法》、《教育人員任用條例》卻對教育人員不適任的事實樣態規範不同，恐將造成處理校長不適任事件的困擾。
全教總理事長侯俊良指出，《國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法》草案除了明定不適任校長交由主管機關解聘，也可回任成為教師，「真是不可思議。」他也表示，《國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法》草案的立法思維僅是遷就現況、方便主管機關之實務操作，因此主張不適任校長就是不適任教育人員，既然是不適任教育人員，「還能夠擔任教師嗎？」
全教總呼籲，《國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法》草案應該回歸《國民教育法》第18條第2項規定「公立學校現職校長，經主管機關審查認定具有教師法、教育人員任用條例所定解聘或不續聘之情事者，不得回任」，積極強化主管機關責任，並且完備相關調查程序、認定校長不適任事實成立之後，除應解除當事人職務之外，不得讓其回任教師與教育人員，應予直接解聘或不續聘。
另外由於《國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法》草案僅適用公、私立國中小校長，全教總認為，有關高級中等學校校長不適任事實認定與處理沒有相關規範，因此要求教育部比照《國民教育法》立法意旨盡速修正《高級中等教育法》，及早訂定高級中等學校校長不適任處理機制。
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全教總續指，縱使《高級中等教育法》無法及時修正，教育部仍可依其職權訂定校長不適任處理之相關辦法，或於《國民小學及國民中學校長不適任事實調查處理辦法》草案加入高級中等學校準用規定，使得高級中等學校不適任校長處理機制一體適用。
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