衛生福利部設有預防接種受害救濟基金，並訂有「預防接種受害救濟基金徵收及審議辦法」(下稱審議辦法)，規定疫苗製造及輸入廠商於食品藥物管理署核發疫苗檢驗合格證明、檢驗或書面審查報告書後，繳納一定金額充作該項基金。
自2013年1月1日起，每一人劑疫苗之徵收金額為1.5元。由於2021年起國內開始大規模施行COVID-19疫苗接種作業，COVID-19疫苗的預防接種受害救濟申請案件驟增，救濟補償核發及相關處理支出大幅成長，該基金總額在2023年9月已低於審議辦法第3條第1項所訂之下限新臺幣1億5,000萬元。
因此，中央主管機關依同項規定，得依基金收支運用情形調整疫苗徵收金額。衛生福利部經評估各項疫苗的徵收金繳納與救濟給付狀況後，考量2021年至2023年間僅COVID-19疫苗及卡介苗之救濟給付總金額超過該疫苗於同時期之總徵收金額，因此於2023年12月29日修正發布審議辦法第3條。
疾管署統計，2021至2023年新冠疫苗徵收金1.2億多元，救濟給付1.7億多元；卡介苗徵收金207萬多元，救濟給付396萬多元。
疾管署副署長羅一鈞表示，今日起將COVID-19疫苗徵收金額調整為每一人劑22元，卡介苗徵收金額調整為每一人劑2元，其他疫苗則維持原規定的每一人劑1.5元，以符收支平衡及風險分擔原則，維持預防接種受害救濟制度運作。
因目前使用中之莫德納及Novavax COVID-19疫苗均為疾管署專案輸入，卡介苗亦為疾管署委託製造，此修正現階段僅涉及疾管署兩基金(疫苗基金、預防接種受害救濟基金)之收支分配，不影響國內外疫苗廠商，特此說明。
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