健保針對缺藥提出五大因應機制，一、單一窗口處理，專人協助處理購藥問題並與食藥署橫向聯繫。二、即時掌握缺藥資訊，食藥署藥品短缺訊息，藉健保VPN周知健保特約院所。三、跨單位合作，因缺藥而專案進口或製造藥品，健保署配合優先核價並盡速生效。
四、不敷成本之藥品，可依特殊藥品重核藥價。五，替代藥品仍可申報費用，非醫囑不可替代，得以相同價格或低於原處方藥品價格之藥品替代。
健保署署長石崇良表示，主要可分成三種藥價調整狀況，第一種，廠商因匯率或成本變動等因素不敷成本，未必要等到缺藥，廠商可以主動申請提高健保給付藥價。健保署會先看國內是否有替代藥品，若經專家會議及共擬會議認定為特殊藥品或不可替代特殊藥品， 會盡快在三個月內核定新的健保藥價。
為避免藥價調整對市場產生影響，特別是已經進貨者，石崇良說，一般而言，新藥價公告後，將於次次季生效，若這期間發生缺藥則縮短一個月緩衝。
第二種情況，廠商因故不再供應，依法應於6個月前告知健保署，石崇良表示，若國內無替代藥品且跟健保藥價相關，則進行專家會議和共擬會盡快在3個月內核定新藥價。若無法供貨與藥價無關，健保署會聯繫食藥署徵求專案製造/輸入。
石崇良特別說明，專案製造/輸入的藥品若與原本藥品價格相同，直接核價；若與原本藥品不同價，將走快速審查方式盡快核價。
第三情況是臨時發生缺藥，無法提前通知，石崇良指出，同樣先判斷是否有替代藥品，若無替代藥品，健保署會跟食藥署討論是否緊急專案製造/輸入藥品，並且盡快核定藥價。
衛福部長薛瑞元表示，有時候經了解未必真的缺藥，可能醫院沒缺，但在社區藥局缺藥，這就是調度問題，我們會判斷缺的是哪一種藥物，比如慢箋，病人第二次和第三次會就近在社區藥局拿藥，這種情況就會進行調度，要求廠商多供應給社區藥局，醫院端若庫存足夠就減少供應。
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