星雲多年來都在高雄長庚就醫，院方由換肝權威陳肇隆組醫療團隊照顧他的健康，星雲大師早在約50年前，即罹患糖尿病，疾病所誘發的視病變，讓他10幾20年來，只能看見揮動的影子，幾乎是看不到，但他能聽音辨人，只要照顧他的醫護跟他說話，他就能知道對方是誰。
除糖尿病外，星雲大師還有著三高、慢性腎衰竭，2011年星雲佛陀紀念館即將開幕，忙著監工的他累到中風；2016年高齡90歲的他，在佛光山嘔吐、全身乏力，長庚醫療團成員上山，力勸他下山，他一度怕麻煩大家，拖了半天才下山，經檢查確認是出血性中風，由神外醫師何治軍操刀，取出腦內血塊。
陳肇隆曾回憶，「腦中風是重大傷病，一般病人都很懼怕，大師住院後卻非常淡定，像是個導師，每次查房都要對醫護人員開釋，講述人間的道理。跟一般病患不一樣的是，醫師解釋他並不怎麼關心，倒是一天到晚要請假、要出院」
陳肇隆當時說，「星雲大師根本不在乎自己高齡身軀，全部的心思都放在弘法，當我們還在想著怎麼樣協助他照顧自己時，他已經忙著弘法的志業了」。
一名貼身照顧星雲大師的名醫表示，星雲到中國宜興弘法，他隨同照顧，緊湊行程中，「我們是找時間休息」、「大師是找時間弘法」，只要坐下來，就不忘對身邊信眾弘揚他的佛法，還心思細膩，擔心他與其他隨行俗家子弟，吃不慣素食，另安排他們到杭州品嚐江浙美食。
這兩年星雲大師洗腎後，身體狀況急起直下，他曾告訴醫療團，早把生死看淡，這名醫說，最後這段日子，星雲大師意識已混沌，他去看大師時，大師已認不得他。
能照顧星雲大師多年健康，這名名醫說，他深深引以為榮，「他為了弘揚佛法，真的很拼命，不顧病痛，能動能講，哪裡他都去」，「大師也很重視教育，辦了很多學校、刊物與媒體，他希望讓佛法能更廣為周知」，如今大師終褪下疾病苦痛，留名青史，也算功德圓滿。
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