新冠肺炎自2019年底在中國武漢地區爆發，台灣也在2020年初迎來第一例境外移入個案，揭開3年抗疫戰爭的序幕，台大醫院作為國內龍頭醫事機構，很快也接手了全台第2例確診個案，近期將抗疫過程著成《那些病毒教我們的事》一書，院長吳明賢回顧這段「無煙硝戰爭」表示，「如果疫情是一場考試，台大醫院已經在這場pass了」。
台大副校長、中央流行疫情指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳說，過去3年間，台灣面對史無前例的疫情挑戰，台大醫院在過去SARS期間扮演重要角色，照顧最多病人，新冠肺炎爆發後，也依據該次經驗後做了很多整備，並配合國家、提供防疫協助。
張上淳說，新冠肺炎來之前、剛來之後，疾管署很快成立專家諮詢小組，由他出任召集人，台大醫院也面臨新的挑戰，從病人到院、快速診斷，到檢驗部門確認病例，為了讓整個流程順暢，當時也找了各單位主管，檢驗醫學部、感控中心都做了必要準備，台大也很快就碰上中國大陸旅行團中、來自武漢地區的新冠肺炎確診中年婦人。
回顧這例台大醫院接手的第一例確診個案，張上淳笑說，這位確診者被同仁暱稱為「武漢大媽」，台大醫院也自此分離出台灣第一株、全球第4株的新冠肺炎病毒株，後來檢驗部門也協助指揮中心，設法進行首例本土個案、「雲林白牌車司機」的血清學檢驗，嘗試追查感染源，以及造成國內一波恐慌的「敦睦艦隊」確診事件血清學檢驗。
此外，張上淳說，他同時也是傳染病防治醫療網台北區指揮官，這段時間看到很多病患要轉入台大醫院，尤其是去年5、6月台灣迎來第一波較大疫情時，感染科、胸腔科照護團隊隨時都會與他電話聯絡，台大醫院也接手眾多重症病患，並規劃疫苗接種，「感謝過去常常被我電話指示、電話騷擾的同仁」。
台大醫院院長吳明賢則說，這段疫情揭露人性與政府缺陷，台大醫院靠「超前部署」、「誠實面對」、「團隊合作」、「勇敢互信」等「16字箴言」，從2020年春節起就在院長室召開防疫會議，做好準備，也明白該來還是會來，在疫情激烈時，急診處甚至一週來數百位患者、其中35位需要加護病房，都靠同仁的團隊合作，鞏固醫院的彈性、韌性，並用科學來消除「恐慌、僥倖與假訊息」等疫情3害，書中描述的經驗看似平淡，但其實「看似尋常最奇崛，成如容易卻艱辛」。
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