漁業署表示，執行學校午餐石斑魚專案，須選用取得三章一Q大規格原料魚，才能加工進行取肉、去刺、切塊，並規劃每個月供應1次。自10月開始供應，其中台北市、新北市等13縣市所轄學校已食用過1次，且部分縣市所轄學校師生已食用2次以上，食用校數約2,086校，123萬人。
漁業署強調，石斑魚都有持續在抓、持續加工、持續供貨，但因為有些學校已經吃了1至2次，但仍有縣市尚未吃到半次，還是希望給大家均勻的調配，一個月下單一次，但有些單位一口氣直接下單2到3次的供應量，出現排擠，致短期內需求量大增，所以現在要調整那些已經吃過的先等等，讓均衡後再持續供貨。
針對石斑魚傳供應量不足暫停出貨，陳吉仲11/23於立法院回應，要提供給學校的石斑魚「要更大隻一點」，做加工切塊時更好處理，陸續調度石斑魚給學校。漁業署也說，當然希望魚大隻一點，因為加工繁瑣。
加工過程包含，去鱗、去頭、取清肉、去殘鱗、去刺、排盤需要15至20分鐘，送凍結最耗時要花1天，才能再做後續加工如分切塊丁、包裝，因機械化大約5至10分鐘，而魚加工冷凍後透過冷鏈維持鮮度，至少可放一年。
至於各縣市石斑供應量，漁業署多方考量暫時不提供，主因在於沒開始供應的縣市也都有努力在處理那些程序，但還在努力的過程中被點名，很可能引起不必要的誤會或歧見。
漁業署也特別澄清烏龍報導，業者去訂貨不只1次，對方認為已吃過了就先暫緩，所以發文農委會、學校去協調，也因為沒給貨要重新調配午餐，並非農委會發函稱要停止供貨，要保證大家都能吃到第一次，所以貨能希望優先給未吃到的小朋友。
部分縣市程序問題，如公文、預算等，還無法達到「班班吃石斑」，這無法強迫對方，但漁業署已先預留了一部分的石斑魚，讓其吃到第一次，由於預留量是初估的，開學前教育部有報班數，漁業署強調，還會跟國教署、個縣市盤點精確數字。
漁業署指出，國內養殖石斑魚之內外銷市場活絡，自6月遭中國暫停輸入後，原規劃國內行銷1,600公噸，迄今已銷售2,047公噸，增加447公噸；規劃外銷300噸，迄今外銷量已逾1,713公噸(龍虎斑為主)，增加1,413公噸。
根據農委會資料顯示，冷凍加工石斑魚共同供應廠商，北區(基隆市、台北市、新北市、桃園市、澎湖縣、金門縣、連江縣)為中華民國全國漁會、高雄市興達港區漁會；中區(新竹縣、新竹市、苗栗縣、台中市、彰化縣、南投縣)為安得利食品股份有限公司、高雄市梓官區漁會；南區(雲林縣、嘉義縣、嘉義市、台南市、高雄市、屏東縣)為安得利食品股份有限公司、高雄市梓官區漁會、興得國際有限公司；東區(宜蘭縣、花蓮縣、台東縣)為台東縣新港區漁會。
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