九合一選舉將於11月26日投票，不過11月21日起確診新冠肺炎的人，依法須隔離5天，因而無法外出投票，中央流行疫情指揮中心估計有5萬到7萬人受影響。薛瑞元曾表示，確診者隔離是為確保公共利益，因此無法外出投票沒有違憲疑慮。
不過，國民黨台北市長候選人蔣萬安批評，薛瑞元身為政務官卻搶做大法官的工作、片面解讀憲法。國民黨黨團總召曾銘宗也質疑，為何衛福部長可以解讀「確診不能投票」有沒有違憲，認為薛瑞元太過自信。
衛福部長薛瑞元今日(11/24)赴立法院衛環委員會進行專題報告並備質詢，會議前受訪被問及，他再次強調，行政機關對其所作所為都必須要有合憲性確信，我們不可能做每件事情都先去問大法官的意見，大法官的職責是對於有爭議性的具體案件去做裁判，這是兩件不同的事情，我們對於合憲性的確信不會讓我們變成大法官。
薛瑞元進一步說，好比立委在制定法律時，立委也必須對自己擬定的法條要有合憲性確信，不會每擬定一個法條就先去問大法官是否有違憲問題，所以立委立法也是自己要有合憲性確信，才能擬出法條，後續如果產生違憲爭議，才由大法官處理，所以立法和行政人員都必須要有這種自信，但這不會因此讓他們變成大法官。
民進黨台北市長候選人陳時中明日(11/25)在競選總部前方的北平東路舉辦選前之夜，包括總統蔡英文、行政院長蘇貞昌、身兼陳時中競總主委的前副總統陳建仁都將到場力挺。
衛福部長薛瑞元先前多次在廟口開講助陣陳時中，是否也會出席選前之夜？他今日在立法院受訪時，語帶玄機說：「暫時保密」。
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