國防指出，依國防部組織法規定於適當地區設軍事法院、軍事檢察署，並依《國防部各級軍事法院組織準則》運作，為提升機關獨立性，將另研訂《軍事法院組織法》、《軍事檢察署組織法》，釐清外界藉由機關調整干預偵審的疑慮。
國防部說明，此次修法亦將參考現行《法官法》制度精神研訂制定《軍法官人事條例》，讓軍法官任免、遷調及評鑑、淘汰等，有別於一般軍人人事制度，以確保公正獨立。
國防部強調，軍法案件涉及軍事專業特殊性，擔任軍事院檢軍法官具備一定部隊服役經驗或資歷，才能正確掌握軍法案件之特性，未來將律定軍法官須具備一定部隊服務資歷，始得參加甄選。
國防進一步指出，國防部將在符合公平審判原則、正當法律程序的前提下，通盤檢討修正軍事審判法，研議採行全面強制辯護、廢除階級管轄等，另有關事實審及法律審之救濟、審級制度設計，將徵詢司法機關、專家學者意見妥適規劃，並與社會妥善溝通，爭取國人支持。
國防部表示，過往軍事審判在我國曾有一段不被人民信任的歷史，社會各界對軍事審判採階級管轄、欠缺獨立性等仍有諸多疑慮，國防部虛心接受。
國防部強調，此次修法將全盤檢討調整，確保未來「重新開機」的軍事審判制度，必須符合公平審判原則、正當法律程序之憲法要求，周延兼顧人權保障與軍隊紀律，強化國家安全。
國防部指出，自2013年軍事審判法修法後，軍法案件於同年8月起分兩階段全面移由司法機關辦理，僅餘戰時審判軍人犯罪的功能。改制後的11年間，國防部透過內部訓練，借調軍法官至檢察署擔任檢察事務官等方式，希望保存戰時審判之運作種能，但效果非常有限。
國防部說，經通盤檢討，維持一個平時正常運作的軍法系統始可落實軍事審判平戰轉換運作順遂，方能發揮嚴肅軍紀、保障人權的功能。
