林祖嘉今表示，相信這是兩岸有關各方都樂見的結果。只不過在這過程中，造成台海情勢緊張、傷害了民間情感。不僅導致兩岸過往一些互動的默契和原則逐漸喪失，而且協商相當曠日廢時，雙方都付出許多不必要的代價。
林祖嘉強調，此次事件已經表明，兩岸缺乏政治互信、沒有官方溝通管道是非常危險的，兩岸民眾出海碰到的風險，以及發生意外衝突的隱憂依然存在。
林祖嘉也呼籲，民進黨政府應回到憲法定義下的中華民國，遵循兩岸人民關係條例，展現改善兩岸關係的信用和誠意。
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